Vahaduo - ресурс с большой коллекцией инструментов для исследования генетического разнообразия древних и современных человеческих популяций.
Результат демонстрирует степень генетического сходства с жителями упомянутых территорий. Чем меньше значение дистанции, тем выше вероятность родственной связи. Это может быть полезно при исследовании и определении региона, где проживали предки.
Получаем собственные G25 координаты
1. Переходим на GEDmatch и копируем номер необходимого комплекта (Kit Number)
2. Далее открываем выпадающее меню Free Tools и выбираем Admixture (heritage)
3. На следующей странице в выпадающем меню выбираем Eurogenes и нажимаем Continue
4. На данной странице в поле Enter your kit number вставляем номер комплекта из 1 пункта, а в выпадающем меню выбираем Eurogenes K36 и нажимаем Continue
5. На открывшейся странице необходимо выделить текст в обозначенных границах, начиная с Amerindian и заканчивая West_Med
6. Далее переходим на один из сайтов: Allelocator или Explore Your DNA, удаляем все из верхнего окна, вставляем текст, скопированный в пункте 5 и нажимаем Generate
Если в тексте используется символ % вместо Pct, замените его вручную - как показано на скриншоте.
7. В нижнем окне получаем собственные G25 координаты. Их необходимо скопировать и для удобства можно сохранить в текстовом файле.
Скачиваем базу G25 координат
С данной базой координат будет производиться сравнение наших координат, полученных выше. Если требуется сравнение современных людей, то скачиваем базу современных людей, если древних, то соответственно базу древних людей.
Скачать базу можно на сайте Vahaduo:
1. Переходим на Vahaduo и открываем раздел G25 Download
2. В столбце Scaled отображены требуемые нам базы, скачиваем необходимую
- Download all scaled - скачать все базы;
- Modern scaled - генетические координаты современных индивидов;
- Modern scaled averages - средние данные по современным группам (предпочтительно для сравнения с современными людьми);
- Ancient scaled - генетические координаты древних индивидов;
- Ancient scaled averages - средние данные по древним группам.
Также, скачать базы можно по ссылке. В данных базах больше и современных групп, и древних индивидов.
Сравниваем координаты в Vahaduo
1. Переходим на Vahaduo и открываем раздел Admixture JS
2. Открываем вкладку Source и вставляем туда нашу скаченную базу из раздела - "Скачиваем базу G25 координат" (копируем все из .txt файла (Ctrl+A) и вставляем в окно)
3. Открываем вкладку Target и вставляем туда наши координаты, которые мы получили в разделе - "Получаем собственные G25 координаты"
4. Переходим во вкладку Distance и нажимаем на sample_simulated_g25_scaled
6. Получаем требуемый результат
В результате показаны 25 самых близких групп. Очень близкими можно считать расстояния до 0.025. Для того чтобы увидеть большее или меньшее количество групп, необходимо изменить значение в строке Max output number.