Во времена правления Юстиниана процессы, начавшиеся при Константине, достигли своего пика. Одним из таких процессов была христианизация, которая стала особенно заметной.
До прихода Юстиниана язычники, такие как Зосима, могли спокойно жить в империи. Однако, едва придя к власти, новый император решил стереть последние следы старой религии. Он начал с того, что нанес удар по единственной сфере, где язычники все еще имели влияние — в образовании.
Хотя язычники не занимали высокие посты при дворе и не имели доступа к церковным делам, их голоса всё ещё играли важную роль в системе образования, основанной на классической древнегреческой культуре. В 529 году был издан указ о закрытии всех философских школ в Афинах, что положило конец традиции, уходящей корнями во времена Сократа и Платона. Многие интеллектуалы-язычники лишились средств к существованию.
Потеряв надежду на будущее, они обратили свои взоры на нехристианский мир за пределами империи. Ученые мужи слышали о новом шахиншахе сасанидской Персии Хосрове I, который, по их мнению, воплощал в себе идеал правителя-философа, описанный Платоном в «Государстве». Утверждали, что при Хосрове в Персии исчезла преступность, и ценные вещи можно было оставлять без присмотра на улице.
Около 531 года группа из семи философов-язычников пересекла границу и отправилась ко двору Хосрова в Ктесифон. Однако по прибытии они были жестоко разочарованы. Хотя Хосров принял их с гостеприимством, он не проявлял серьезного интереса к философии, как они ожидали. Кроме того, в Персии было немало преступности, а правящие классы были хищными, властными и деспотичными.
Проведя в Персии два года, философы решили вернуться домой, что бы их там ни ждало. К тому времени Юстиниан несколько смягчился, и хотя их не встретили с распростёртыми объятиями, их оставили спокойно доживать свой век. Правда, время от времени власти предпринимали какие-то действия. Например, в один из летних дней 559 года нескольких видных язычников арестовали, а их книги, статуи и картины свалили на одной из главных площадей Константинополя и сожгли. Но подобное случалось нечасто.
Один из эмигрантов, вернувшихся из Персии, Симпликий Киликийский, смог продолжить свои исследования и до своей смерти в 560 году успел написать ряд ценных комментариев к работам Аристотеля. Однако это было последнее поколение интеллектуалов-язычников в Византии, и многие из них приняли христианство, хотя бы формально, поскольку жить в империи, не примкнув к религиозному большинству, стало невозможно.
Последние язычники оказались не единственными, кто испытал на себе тяжкие последствия ревностной христианизации Юстиниана. Именно при его воинствующем христианском режиме было ужесточено законодательство в отношении гомосексуалистов. Кроме того, Юстиниан проявил двойственное отношение к предполагаемым врагам Христа, иудеям. Закон, который защищал их жизни и собственность, оставался в силе, но Юстиниан не мог не вмешаться. Он ввел другой закон, согласно которому, если в каком-то году иудейский Песах случался перед христианской пасхой, отмечать его можно было лишь после христианского праздника. Это постановление, вероятно, вскоре было забыто или даже вовсе никогда не соблюдалось, но оно демонстрирует неприятие Юстинианом религиозных различий.
Однако гнев императора обрушился с особой силой на тех христиан, которые отказались принять официальное определение христианской веры, принятое Никейским и Халкидонским соборами. В 528 году Юстиниан ввел закон, запрещавший «еретикам» выступать на суде свидетелями против халкидонитов. Маловероятно, что он имел в виду ариан, которые уже перестали быть значимой силой внутри империи, хотя многие западноевропейские правители-варвары придерживались арианской веры. Гораздо больше Юстиниана беспокоили так называемые монофизиты.
В восточных провинциях Римской империи, особенно в Александрии, многие священнослужители и богословы были не согласны с решением Никейского собора о божественной сущности Христа. Они считали, что собор недостаточно подчеркнул божественную природу Христа в противовес его человеческой сущности.
В середине V века Диоскур, патриарх Александрийский, выдвинул утверждение, что две природы Христа, божественная и человеческая, слились настолько тесно, что стали физически едины. В 451 году Халкидонский собор попытался решить эту проблему, провозгласив, что Иисус был совершенным человеком и совершенным Богом. Однако это решение не удовлетворило последователей Диоскура, которые считали, что Христос был преимущественно Богом и лишь в малой степени человеком. Их стали называть монофизитами.
Если бы это был просто богословский спор, имперские власти, возможно, не обратили бы на него особого внимания. Но, к сожалению, ситуация оказалась сложнее. К концу V века большинство жителей восточных провинций — Сирии, Палестины и Египта — придерживались монофизитских взглядов, что вызывало недовольство у императора-халкидонита, правящего в Константинополе.
При императорах Зеноне и Анастасии предпринимались попытки найти компромисс между халкидонитами и монофизитами. Однако Юстиниан не был готов к компромиссу. Когда в 518 году его дядя Юстин взошёл на престол, он обратился к Папе, который решительно не одобрял политику компромиссов, и пообещал отстаивать истинную веру, как её определил Халкидонский собор. Для тех, кто не разделял постановления собора, жизнь стала значительно сложнее.
В сердце монофизитского движения, Египте и Сирии, репрессии начались с «еретических» епископов, которых изгоняли из их епархий и заменяли халкидонитами. Монахинь и монахов-монофизитов заставляли покинуть монастыри. Однако вскоре Юстиниан столкнулся с тем, что установление единообразия имеет свои пределы. Если преследовать малочисленных гомосексуалистов, иудеев и оставшихся язычников было несложно, то монофизитов оказалось слишком много, чтобы воздействовать на них силовыми методами. Изгнанные епископы ушли в подполье и продолжали проводить службы для своих прихожан.
Даже в устойчиво халкидонском Константинополе император столкнулся с противодействием со стороны собственной жены Феодоры, которая была монофизиткой. Ей удалось вернуть некоторых сосланных епископов, а в 535 году она даже добилась того, чтобы патриархом Константинопольским был назначен монофизит Анфимий, митрополит Трапезундский. Правда, как только его убеждения стали известны, он был отстранён и провёл следующие 12 лет, тайно живя во дворце Феодоры. Но даже рьяный Юстиниан был вынужден признать поражение и вернуться к поиску компромисса.
Однако, хотя он и не сумел навязать единую доктрину, империя, без сомнения, была уже полностью христианской, и господствующая вера всё больше влияла на самые разные стороны жизни. Евсевий и другие теоретики сформулировали постулат о том, что римский император был наместником Бога на земле и что границы империи определяли границы христианского мира. Действительно, на протяжении большей части своей истории жители Византии называли себя римлянами, а название «византийцы» появилось гораздо позже.
Учитывая духовное значение императорской власти, публичные церемонии приобрели религиозный подтекст. Веками возвращение императора в столицу считалось крупным общественным событием, и, когда в августе 559 года Юстиниан совершил торжественный въезд в Константинополь после нескольких недель отсутствия, во время которого он инспектировал строительство укреплений во Фракии, его встретили у городских ворот префект и другие сановники. Красочная процессия двинулась по главной улице, Месе. Однако, достигнув храма Святых апостолов, кавалькада всадников резко остановилась. Император спешился и вошёл в церковь, чтобы помолиться, и лишь после молитвы церемония продолжилась. Более того, церковные службы и императорские церемонии всё больше походили друг на друга, и на них пелись одни и те же гимны.