Есть мнение, что сверхъестественное не может быть предметом изучения, потому что наука рассматривает вещи только как естественные. Учёный в рамках своего метода не может и не должен объяснять происходящее вмешательством, например, ангелов. Он может искать объяснения только в рамках естественных причин. Понятие сверхъестественного как таковое не укладывается в критерии научности, и ни одна гипотеза о сверхъестественном не признаётся чем-либо большим, чем лженаучной.
Так было не всегда. Учёные Средневековья признавали, что существует два уровня знания: сверхъестественное, существующее независимо от человека; естественное, полученное с помощью человеческого разума. Предполагалось, что норму первого содержат тексты Библии, сопровождаемые авторитетными комментариями Отцов Церкви, а норму второго - тексты античных философов, прежде всего Аристотеля. Разум должен был приходить на помощь вере и укрепить её, дав ответы на вопросы: в чем сущность Бога, почему окружающий мир таков, какой он есть, и в чем предназначение человека. Собственно, на этом фундаменте и строилась схоластика - религиозно-философское учение, стремящееся понять Бога при помощи логических рассуждений. Поиск истинного знания строился на основе интерпретации текстов Священного Писания с использованием преимущественно дедуктивного метода в форме силлогизма, основанного на выведении частных положений из общих оснований. Целью схоластики было упорядочить христианскую догматику. Диспуты велись не о том, истинны ли авторитетные тексты, а о том, истинны ли их интерпретации. На разработку новых идей фактически было наложено табу.
Английский философ Фрэнсис Бэкон выступил против господствовавшей в то время схоластической философии. Он отверг схоластический метод, состоявший в том, чтобы рассуждать, исходя из далеко лежащих абстракций в отрыве от реального исследовательского опыта. Это приводило лишь к тому, что можно было оспаривать самые очевидные идеи и приходить к самым фантастическим выводам.
Чтобы оторвать философию от бесплодных богословских споров и дать ей возможность самостоятельного развития, Фрэнсис Бэкон выдвинул теорию двойственной истины: у религии своя истина, а у философии – своя; теология пусть изучает Бога, а философия – природу. Учёный считал, что философия должна рассматриваться в качестве самостоятельного знания, способного дать объективную картину природы, не сводимую к образу божественного порядка. Бэкон утверждал, что схоластика использует ущербный, по его мнению, дедуктивный метод, который оперирует общими понятиями, универсалиями. Опирающаяся на дедукцию наука не способна давать практическую пользу человечеству, а, по мнению Бэкона, именно в этом и состоит истинное предназначение науки. Наука должна работать на прогресс знания. Разум не способен произвести знание самостоятельно. Знания о мире должны выводиться из него самого, посредство опыта, наблюдений и экспериментов. Для этого учёный предлагал использовать эмпирический метод, основанный на наблюдениях, что, собственно, отбрасывая старые суеверия, способствовало созданию необходимой базы знаний с нуля. Для изучения окружающего мира Фрэнсис Бэкон предложил использовать индукцию: двигаться от частных, полученных в ходе эксперимента наблюдений, к более общим выводам. Только такой метод позволит более объективно судить об окружающем мире, строить более правдивые теории и гипотезы.
Отделив философию от теологии, Фрэнсис Бэкон заложил основы научного метода и естествознания. Именно он выдвинул лозунг НТР: "Знание — сила". По мнению Фрэнсиса Бэкона, чтобы правильно использовать индукцию и эксперимент, разуму человека необходимо очиститься от "идолов". Идол - это иллюзия, предмет слепого поклонения, то есть искажённое представление и понятие о действительности. Идолы заслоняют собой истину, что препятствует адекватному отражению окружающего мира в сознании человека. "В дидактических целях, - говорит он, - назовем их: идолы рода, идолы пещеры, идолы площади, идолы театра. Конечно, наиболее надежный способ их удаления из человеческого ума заключался бы в наполнении последнего аксиомами и концептами, выработанными с помощью правильного метода, истинной индукции. Однако даже индивидуализация идолов - уже большой прогресс".
Чтобы избавиться от заблуждений, предрассудков, Бэкон вывел четыре вида идолов:
Бэкон отмечал, что идолы бывают либо врождёнными, либо приобретёнными. "Приобретённые" вселились в умы людей либо из мнений и учений философов, либо из превратных законов доказательств. "Врождённые" присущи природе самого разума, который оказывается гораздо более склонным к заблуждениям, чем чувства. Фрэнсис Бэкон был одним из первых, кто описал по сути причины когнитивных заблуждений.
Фрэнсис Бэкон убрал сверхъестественное из наук. Он считал философию сверхъестественного худшим из заблуждений. Ученый полагал, что истинная связь вещей - чисто механическая причинность. При этом сам же не высказывал сомнений в божественном происхождении природы. Он подчёркивал, что прогресс естествознания, хотя и губит суеверия, но укрепляют веру. Бэкон утверждал, что первопричиной мира является Бог, но в дальнейшем мир подчиняется действию естественных законов. Для Бэкона разумное устройство Вселенной - это очевидный наблюдаемый факт.
Основоположник научного мышления так и не победил своего главного "идола"- Бога.