Исторические исследования – одно из приоритетных направлений деятельности музея. Как самостоятельное структурное подразделение «Отдел истории» был создан в 30-е годы 20 века. Его формированию, структуре и задачам предшествовала работа основателей Сергиевского историко-художественного музея, в первых проектах которых ставилась главная задача - создание музейной экспозиции, посвященной истории Троице-Сергиевой лавры и сергиевопосадской земли.
Все исторические экспозиции музея строились в соответствии с официально принятой концепцией развития государства в преломлении местной истории. Благодаря многочисленным обновлениям и постоянному совершенствованию, её ведущей темой стала героическая оборона крепости Троице-Сергиева монастыря в Смутное время. Первые шаги в этом направлении были сделаны Комиссией по охране Троице-Сергиевой лавры. «Военно-исторический отдел» задумывался с использованием оружия из Кремлевской Оружейной палаты. Сотрудник музея В.Д. Дервиз к 1928 году исследовал троицки