Вопреки распространенному представлению, концепция «Москва – Третий Рим» не была официальной идеологией Московского царства.
Жители Европы раннего Нового времени, в том числе московских земель, воспринимали происходящее в мире сквозь призму религиозного мировоззрения. Неудивительно, что и грандиозное столкновение мусульманского и христианского миров имело значение для религиозной мысли.
Старец псковского Спасо-Елеазарова монастыря монах Филофей (ок. 1465 — 1542) осмыслял причины произошедшего незадолго до его рождения падения Константинополя (1453) и кончины православной Византийской империи. Эти события Филофей воспринял как предостережение, о чем и писал Василию III Ивановичу. Он писал прежде всего о вреде содомии, астрологии и других грехов, которые могут погубить христианскую страну. А слова о «Третьем Риме» имеют для него второстепенное, почти риторическое значение: «Рим пал за грехи от варваров, второй Рим — Константинополь пал из-за ересей от турок-османов, третий Рим — Москва будет стоять вечно, а четвертому не бывать».
Идеи религиозно-политической преемственности одного государства от другого существовали и до Филофея, но он адаптировал их к текущим условиям Московского царства, которое стало крупнейшей православной страной. Эта мысль старца не предполагала, как это нередко воспринимается и сегодня, призыва к агрессивной экспансии православия. Важнейшим политическим компонентом формулы «Москва — Третий Рим» было стремление возвысить Москву по отношению к другим православным центрам.
Во второй половине 16 в. этот вопрос оказался на повестке дня — патриархи были в Константинополе, Александрии, Антиохии и Иерусалиме, но патриарха все еще не было в Москве, столице сильнейшего православного царства. Именно в этот момент, значительно позже смерти монаха Филофея, идея «Москва — Третий Рим» стала актуальной.
После этого достижения и последующей Смуты концепция «Москва — Третий Рим» и ее автор Филофей оказались надолго забыты. Ее следующее яркое появление пришлось уже на середину 19 века, время серьезной борьбы России и Турции, в том числе за влияние на покоренных турками землях с православным населением. Апогей распространения концепции пришелся на 1878 г., когда русская армия стояла у ворот Константинополя, и последующие десятилетия императорской власти, стремившейся окончательно устранить угрозу, исходящую от дряхлой Османской империи.
Новая актуальность концепции «Москва — Третий Рим» сделала ее и содержащуюся в ней идею связи Византии и России объектом для осмысления русских интеллектуалов. Тогда же появляется и становится известной концепция консервативного мыслителя Константина Леонтьева «Византизм и славянство» (1875 г.) о глубокой преемственности русского государства и Византии.
Сегодня, когда мы лучше знаем историю Византии и видим, как немного на самом деле Россия приняла от ее политической культуры, идеи византизма едва ли могут оказать серьезное влияние на историософию. Но для русских мыслителей и публицистов 19 — начала 20 вв. идея сильной связи с Византией имела особое значение для понимания русской истории. В том числе для западников, видевших в этой преемственности корни политических проблем России.
«Византийский маразм» осуждал и Герцен, видевший в нем корни политической культуры бездействия, равнодушия к происходящим в обществе событиями и процессам. Византийское наследие винили и во время русских революций, уничтоживших архаичное самодержавие.
Некоторые элементы отброшенной в советское время концепции «Москва — Третий Рим» и в наше время распространены среди российских мыслителей. Четко обозначенная еще В. А. Жуковским, Н. Я. Данилевским, П. Я. Чаадаевым, Д. С. Мережковским и другими мыслителями особенность России, проистекающая из ее связи с Византией (невозможность отнести Россию к Азии, но и неполная ее принадлежность к Европе), и сегодня является одним из важнейших компонентов российского самосознания и идентичности.