Комитет государственной безопасности просуществовал 37 лет. После событий августа 1991 года, когда была сделана попытка путча во главе с ее председателем, было решено демонтировать этого монстра, поделив на республиканские комитеты. При этом разведку убрали за скобки. Она должна оставаться единой и обслуживать все республики.
Тогда на должность председателя КГБ поставили Бакатина. При нем обсуждались разные варианты преобразования Комитета. Одни предлагали его распустить и создать новую службу с урезанными функциями. Другие – ограничиться косметической реформой. Новый председатель выбрал нечто среднее. Он понимал, что спецслужбы в такой период стране необходимы.
Преобразования начались с того, что войска КГБ были переданы министерству обороны. Это были те дивизии, которые забрал у армии Крючков с дальним прицелом на случай чрезвычайного положения.
Затем из КГБ вывели пограничные войска. Был создан самостоятельный Комитет по охране государственной границы. После распада СССР Ельцин включил пограничников в состав Министерства безопасности России. В 1993 году они снова получили самостоятельность и стали называться Федеральной пограничной службой.
Службу охраны (бывшее 9-е управление), которое заботилось о членах политбюро, подчинили напрямую Горбачеву. При Ельцине создали два ведомства: Службу безопасности президента и Главное управление охраны. Затем они были объединены в единую Федеральную службу охраны РФ.
Управление правительственной связи, Восьмое главное управление (обеспечение безопасности секретных переговоров и расшифровка чужих) и Шестнадцатое управление (перехват радио-и телефонных переговоров) тоже вывели из состава КГБ и объединили в Комитет правительственной связи при Президенте СССР. С 1993 года это ведомство получило название ФАПСИ (Федеральное агентство правительственной связи и информации при президенте России).
Бакатин упразднил бывшее 5-е управление, которое занималось политическим сыском, слежкой за интеллигенцией, церковью и национальными движениями.
Последний министр обороны СССР Шапошников просил передать в свое министерство Третье главное управление КГБ – военную контрразведку. На первых порах Бакатин согласился с этим, но быстро передумал. В Кремле не хотели, чтобы армейская контрразведка стала карманным ведомством министерства обороны. Контроль над армией остался в руках председателя КГБ.
Однако от контроля над милицией органы госбезопасности были вынуждены временно отказаться. Это было сделано по требованию министра МВД Баранникова, человека Ельцина.
Подчиненные встретили нового председателя с трудно скрываемым раздражением. Некоторые его приказы не выполнялись. Когда он начал действовать жестко, его просто возненавидели.
Бакатин продержался председателем КГБ очень недолго. В декабре 1991 года, за день до отставки Горбачева, он собрал вещи и покинул Лубянку. Руководил КГБ 107 дней. Чекисты называют Бакатина разрушителем КГБ. Они не оценили того, что он, по сути, спас их ведомство. Ведь общество требовало снести Лубянку.
В августе 1992 года оставшийся без работы Бакатин обратился через посредника к Ельцину подыскать ему должность. Ответа он так и не получил.