Вопрос можно поставить шире. Речь не только об НЛО, но и об огромном массиве прочих связанных с паранормальными явлениями, допотопными и внеземными цивилизациями, доказательств предоставляемых наукой альтернативной. И все они, — даже в тех редких случаях, когда дело не сводится к «объясните как», — отправляются в корзину без рассмотрения. То есть, вопрос широк, но ответ весьма узок. Наука игнорирует эти доказательства, поскольку — наука.
...В первую очередь необходимо уточнить, о доказательствах чего речь. Есть факты, есть объяснения этих фактов. Доказательства требуют объяснения наблюдаемых фактов — гипотезы. И вот здесь возникает проблема, особенно явная в случае с НЛО. То что летающий объект не всегда наблюдателю удаётся опознать — факт, — причём, единственный, среди тех, которыми оперируют уфологи, факт бесспорный. То же, что неопознанный объект является кораблём пришельцев (полевой формой жизни, залетевшим из Агарты диском Белонце, демоном, нужное подчеркнуть) — не гипотеза.
Неизвестное нельзя объяснить другим неизвестным. Не в смысле, запрещено кем-то, — хотя, да, запрещено Оккамом. Нельзя, потому что это просто не работает. Какое-либо новое знание таким образом приобретено быть не может. Проверке же такое объяснение не поддаётся, ибо неизвестно обладают ли корабли пришельцев приписываемыми летающим тарелками ТТХ. Доказательства подобного рода гипотез не рассматриваются, поскольку по определению не могут существовать.
Соответственно, нельзя объяснить какие-либо следы на камне воздействием неизвестного инструмента или утраченных технологий. Они же утрачены, — а значит, нельзя утверждать, что они это позволяли. Нельзя объяснить перемещение мегалитов применением виман, так как недоказуемо, что грузоподъёмность виман такие операции осуществлять позволяла. Как не доказано и то, что виманы в эпоху строительства мегалитов вообще были.
...И да. «Объясните как» — отдельная песня. Объяснение — то, что одни специалисты предоставляют другим, — только так. Но не суть. Суть же в том, что даже отсутствие объяснения понятного специалистам и убедительного для них не делает объяснение неизвестного неизвестным допустимым. Триста лет назад такие явления, как гром и молния, научного объяснения не имели. Однако, из этого не следовало, что гипотеза с привлечением Ильи-пророка имела право на жизнь. Нельзя же утверждать, что это — не Зевс или Перун разбушевались.