Считается, что работу госбезопасности контролировал партаппарат. На самом деле партийные органы в работу чекистов не лезли. Реальный контроль осуществляло Инспекторское управление, созданное Андроповым. Двадцать лет им руководил генерал-лейтенант Толкунов, один из самых влиятельных людей в Комитете.
Это он затеял инспекторскую проверку 3-го Главного управления (военная контрразведка). 3-й Главк долгие годы находился на особом положении, поскольку его опекал Георгий Цинев – первый заместитель председателя КГБ и друг Брежнева.
Вот что рассказывал полковник Виктор Иваненко - один из участников инспекторской проверки:
В его ходе были собраны материалы о массовых нарушениях законности в органах военной контрразведки, особенно по Дальневосточному военному округу. Там пышным цветом процветала беспринципность и приспособленчество, когда во имя статистики ломали судьбы честных людей.
Оперуполномоченных начальник не пускал в отпуск, пока пять профилактик не проведут или не заведут дело о шпионаже. Опер был вынужден дела из пальца высасывать, фальсифицировать обвинения, строчить липовые отчеты.
Был выявлен вопиющий случай, когда начальник отдела и его подчиненный выдумали шпионскую группу. Они разыгрывали роли: один изображал иностранного шпиона, другой – завербованного им агента. Они даже выписали задания на прослушку. Записи и отчеты по ним шли на доклад начальству. Было заведено уголовное дело по шпионажу и пострадал невиновный человек.
Летом 1987 года на заседании коллегии начальнику военной контрразведки предъявили обвинение в нарушении законности. Председатель КГБ СССР Чебриков освободил его от должности и отправил на пенсию.
Позже полковника Иваненко привели к Ельцину. Подыскивалась кандидатура на пост создаваемого республиканского Комитета государственной безопасности РСФСР. Борису Николаевичу полковник понравился. Тоже играет в волейбол, да и сам сибиряк из Тюмени. Ельцину был нужен «троянский конь» на Лубянке. Требовалось парализовать работу чекистов против российского руководства.
В мае 1991 года Крючков и Ельцин подписали Протокол об образовании КГБ РСФСР. Председателем назначили только что получившего генеральское звание Виктора Валентиновича Иваненко.
Республиканский Комитет создавался как институт демократического государства, подконтрольный обществу. Сначала его штат состоял всего из нескольких человек. После провала ГКЧП в августе 1991 в его ведение были переданы отдельные подразделения союзного Комитета. В ноябре того же года его преобразовали в Агентство федеральной безопасности РСФСР, которое существовало до конца января 1992 года.