Про ранние годы прп. Афанасия известно немного. Родился он предположительно в конце XVI века на территории современной Западной Белоруссии. Получил блестящее образование: знал богословскую и историческую литературу, владел польским, греческим и латинским языками и трудился учителем при дворе гетмана Льва Сапеги. В 20-х годах XVII века Афанасий «зрозумевши омыльность света того» удаляется из мира в Виленский Свято-Духовом монастырь, где и принимает иноческий постриг. В 1633 году Афанасий приехал в Пинский Дубойский монастырь, где стал наместником игумена. Там он 3 года вёл борьбу за обитель с пинскими иезуитами, которую в итоге проиграл и монастырь отошел к католикам. В 1638 году Афанасий ездил в Москву к царю Михаилу Фёдоровичу Романову. Он добрался туда с великим трудом, описав все свои злоключения и бедственное положение православных Речи Посполитой в "Истории путешествия в Москву". По итогу, Афанасий встретился с царём и, собрав пожертвования, в том же году вернулся в Купятицки