«Метод определения количества добытого полезного ископаемого» – это термин Налогового кодекса РФ. Его не следует смешивать с термином «метод измерения».
Методы измерения предусмотрены различными ГОСТами (см., например, ГОСТ 8.589-2007). Они так же бывают прямыми и косвенными.
Прямые методы характеризуются тем, что инструментально измеряется та величина, которая интересует (например, масса). А при косвенном методе измерения величина, которая интересует, вычисляется по формуле, а инструментально измеряются те величины, которые необходимы для производства расчетов (например, плотность и объем).
Методы определения количества ДПИ делятся совсем по другому принципу. К примеру, если прямой метод определения ДПИ требует знать массу ДПИ, то это требование будет соблюдено как при взвешивании ДПИ (прямой метод измерения массы), так и при определении массы посредством умножения данных маркшейдерского замера объема ДПИ на плотность этого ДПИ (косвенный метод измерения массы).
Более подробный комментарий к ст. 339 НК РФ содержится в книге "Уплата НДПИ при добыче драгоценных металлов".