Созданный в 1956 г. чехословацкий реактивный учебно-тренировочный самолет L-29 «Дельфин» оказался простым в пилотировании и неприхотливым в эксплуатации, он быстро полюбился летчикам многих стран. Но у этого самолета были и свои недостатки, устранить их, к сожалению, на «Дельфине» было трудновато, потенциал модернизации был невелик. В том же году авиационная секция СЭВ определила главное направление развития чехословацкой авиапромышленности — создание учебных и легких транспортных самолетов. По этой причине коллектив КБ, возглавляемый главным конструктором Яном Влчеком, опираясь на накопленный опыт, приступил к определению облика нового перспективного УТС. При этом постоянно учитывалось мнение основного заказчика — руководства советских ВВС. В 1963 г. Министерство обороны ЧССР выдало тактико-технические требования к новому учебному самолету.
Были предложены сразу два варианта: первый, под обозначением L-129, представлял глубокую модернизацию «Дельфина», второй, принципиально новый самолет, сверхзвуковой L-39M1 «Махтренер». Второй вариант, больше отвечавший требованиям, под обозначением L-39, с различной комплектацией, стал предметом изучения. Предстояло обсуждение и согласование его характеристик с советским заказчиком. Тандемное расположение экипажа, однодвигательная силовая установка, размещение воздухозаборников над крылом, низкопланная схема крыла позволяли обеспечить минимальную массу при заданной прочности. Все агрегаты проектировались с учетом легкого доступа к ним и взаимозаменяемости. На самолете предполагалось установить советский или чехословацкий двигатель. На предприятии «Моторлет» — Инонице был разработан проект такого двигателя, но ему предпочли советский ТРДД АИ-25. Этот двигатель с низким расходом топлива хорошо себя зарекомендовал на пассажирском самолете Як-40.
Первоначально предлагалось стреловидное крыло без концевых топливных баков (весь запас горючего размещался в фюзеляже), однако вскоре от него отказались, заменив его прямым. Советские представители регулярно встречались с чехословацкими специалистами на совместных макетных комиссиях. В дальнейшем работы по созданию УТС выполнялись на предприятии «Водоходы» производственного объединения «Аэро», образованного в конце 1965 г. Параллельно с самолетом разрабатывалась аварийная система спасения. Прототипы кресел без разгонного РДТТ испытали в следующем году на летающей лаборатории МиГ- 15УТИ и лишь после этого установили на прототип L-39. Двигатель АИ-25В прошел испытания в 1967—1968 гг. на стендах и на летающей лаборатории Ил-28, где он устанавливался на месте кабины кормового стрелка.
Первый опытный прототип L-39X-02 был закончен в январе 1968 г., а монтаж систем продолжался до конца лета. В день национального праздника, 28 октября 1968 г., самолет выкатили на аэродром в Водоходах, и летчик-испытатель Рудольф Духонь совершил подлет. А первый полет продолжительностью 35 минут состоялся 4 ноября. Полет прошел, в общем- то, нормально, но посадку пришлось выполнить с заклинившимися во взлетном положении закрылками. Испытания проходили с некоторыми трудностями. В одном из полетов на штопор обнаружилось падение оборотов двигателя до полной его остановки. После трех безуспешных попыток запустить двигатель в полете летчик совершил вынужденную посадку на аэродром в Кбелях. Второй прототип, отличавшийся крыльевыми зализами и боковыми окнами подпитки двигателей, впервые взлетел в мае 1969 г. Для поиска подходящего положения стабилизатора в полете его сделали переставным. В одном из полетов на этой машине, вскоре после взлета, произошел незапланированный сброс фонаря задней кабины, пролетевшего, к счастью, мимо хвостового оперения, но полет завершился благополучно. Летные испытания проходили сразу пять машин. Систему спасения впервые проверили во время заводских испытаний в ноябре 1970 г., затем система прошла совместные заводские и войсковые испытания. Не обошлось без жертв, в полете на МиГ-15УТИ погиб летчик Р. Духонь.
Серийный выпуск самолета, названного «Альбатросом», начался в 1971 г. В 1973 г. первые 14 «Альбатросов» появились в СССР. За последующие 17 лет советская авиация пополнилась 2080 самолетами L-39C.
Для повышения экспортного потенциала L-39 на международном рынке и удовлетворения потребностей национальных ВВС конструкторы фирмы «Аэро» в 1973 г. приступили к разработке учебно-боевого самолета. На доработанном крыле установили четыре пилона для подвески боевой нагрузки и двух топливных баков. Затем под фюзеляжем разместили встроенную двухствольную пушку ГШ-23 с патронным ящиком в фюзеляже, потребовавшую серьёзную доработку каркаса. В июне 1974 г. были проведены пуски реактивных снарядов с оценкой их влияния на работу ТРДД, сброс бомб и ПТБ, а также испытание шасси при повышенной взлетной массе. Определенные трудности появились при сбрасывании ПТБ емкостью 150 и 350 л, как пустых, так и заполненных водой, имитирующей топливо. После отделения от замков ПТБ поворачивались вокруг поперечной оси и в отдельных случаях баки били по задней кромке крыла или прижимались к передней кромке крыла, отваливаясь от нее лишь после посадки. Дефект удалось устранить только после установки на ПТБ стабилизаторов.
На 11-м прототипе испытали специальный фотоконтейнер, подвешиваемый на левом внутреннем пилоне в комбинации с симметрично подвешенным ПТБ-350. После контрольных войсковых испытаний в конце 1977 г. в Кошице машину проверили в СССР в качестве разведчика. Выпущенные в Чехословакии самолеты L-39 заслужили международное признание. В 1973 г. на 15-й Международной машиностроительной выставке в Брно этот самолет получил золотую медаль. К месту выставки самолет прибыл своим ходом. Летчик-испытатель Ю. Шоуц приземлился на пригородной автостраде, откуда машину отбуксировали на выставку. Также золотую медаль самолет получил на Лейпцигской ярмарке в 1979 г.
Самолет «Дельфин» имел множество модификаций. 30 сентября 1986 г. взлетел учебно-боевой самолет L-59, являвшийся глубокой модификацией L-39. На нем был установлен более экономичный и мощный двигатель DV-2 тягой 2200 кгс. Из-за высокой цены Россия отказалась от закупки самолета. В конце 1992 г. была начата программа модернизации самолета L-59. Легкий штурмовик L-159 может быть выполнен в двух вариантах. Одноместный вариант предназначен непосредственно для авиационной поддержки разведчика, патрулирования границ. Его двухместный вариант приспособлен для подготовки летчиков-истребителей, отработки элементов боевого применения. Силовая установка состояла из ТРДД F124-GA-100 тягой 2860 кгс американской фирмы «АлледСигнал». Кабина летчика защищена легкой противопульной броней.
Годы эксплуатации «Альбатросов» показали, что коллективу Яна Влчека удалось создать весьма удачный самолет. Лучшим доказательством тому служит широкая география распространения L-39, который нашел применение более чем в 30 странах (без учета постсоветских государств).