В слове "предупредить" две морфемы "пред". Предположительно, первая представляет из себя префикс, произошедший от корня "пред", а вторая - собственно, этот корень. Между ними расположился ещё один аффикс - приставка "у" в значении "завершение (доведение до результата, до исчерпывающей полноты) действия, названного мотивирующим глаголом".
Видимо, данное слово исторически образовано от глагола "упредить" с помощью приставки "пред" в значении "действие, производящееся заранее".
Значение слова "упредить" я бы определил как "сделать что-то заранее, до того, как отреагируют другие".
Однако здесь возникает парадокс - ведь и корень (ср. Опередить, Упредить) , и приставка (ср. Предостеречь, Предугадать) в данном слове с точки зрения словообразования должны передавать одинаковое значение - "опережение чего-либо", но общее значение слова целиком связано со значением данных морфем сильно уже - "указать на опасность заранее".
Таким образом, наконец, данная словообразовательная цепочка: "упредить