Сюжет игры Crysis 3 развивается спустя 24 года в 2047 году после событий, которые происходили в прошлых частях. C.E.L.L. заполонили властные должности и развились из частной военной компании в огромную корпорацию. C.E.L.L., установив свои порядки в экономике, задействовала финансово-долговые схемы для установления контроля над населением. А тем временем Нью-Йорк превратился в поле боя на руинах былой цивилизации, где время от времени происходят конфликты между C.E.L.L., остатками цефов, выживших и повстанцев, которые против диктатуры корпорации.
Группа повстанцев, руководитель которых бывший из группы "Хищник" Майкл Сайкс, спасает Пророка из стазиса на базе C.E.L.L., которого поймали патрули C.E.L.L. в Сибири. На старте игры герой остался единственным человеком, который остался при своем костюме. Остальными были пойманы и ограблены корпорацией C.E.L.L..
Во время заключения Пророк получает телепатическую новость об угрозе, которая исходит от "Альфа-цефа" - носителя инопланетного разума. , который координировал все действия в ходе вторжения. Пророк хочет уничтожить угрозу, а повстанцы хотят использовать героя в противостоянии против C.E.L.L., выведя из строя энергетический источник корпорации, который построен на махинациях с торговлей энергией. Спустя время герой узнает то, что Альфа-цеф и был источников энергии для корпорации.
Уничтожив гидроэлектростанцию, Пророк проникает в комнату управления и делает аварийное отключение. В этот момент Альфа-цеф пробуждается и пытается прорваться на свободу, благодаря чему коллективный разум инопланетян воссоединяется и вторжение повторяется снова. Герой начинает изучать особенности сверхразума, используя при помощи телепатии ретрансляторы цефалоподов. За счет этого герой получает способность взаимодействовать с инопланетными энергоносителями и поглощать их энергию для временной неуязвимости.
C.E.L.L. не могут справиться с новым вторжением и решают выкатить на поле боя орбитальную систему массового поражения "Архангел", наведя ее на Нью-Йорк. Но, выясняется, что из-за энергии Альфа-цефа выстрел может уничтожить всю планету. Пророк хочет остановить эту затею и решает прорваться в цент управления системой, где успешно ее отключает. Но с отключением системы, Альфа-цеф беспрепятственно создает мост Эйнштейна - Розена, который призывает много новых вооруженных пришельцев с родной планеты.
Пророк вместе с Психом отбиваются от ближайших цефов около главного улья, но Псих покидает бой из-за сильного наплыва врагов, и Пророку приходится продолжить путь до червоточины в одиночку. Достигнув основания червоточины, герой вступает в драку с Альфа-цефом и одерживает победу с помощью внезапно появившегося Психа, который взял на себя отвлекающий маневр. Пророка цепляет мост и его затягивает в энергетический поток, который выбрасывает героя в околоземное космическое пространство.
Перед тем, как мост оборвался, один из кораблей цефов успел пройти через пространство. В это время Пророк добирается до "Архангела", разворачивает его в сторону корабля и стреляет по противнику, ликвидируя последнюю угрозу цефов. Взрывной волной Пророка отбрасывает на Землю прямо в море возле Лингшана. Из-за падения с космоса, костюм приобретает новую функцию - принимать любой внешний вид и форму, фактически становясь единым целым с героем. Придя в себя, герой видит, что костюм принял его человеческое обличие. Выйдя на берег, Пророк кидает в море три боевых жетона, которые дал Псих: Шута, Ацтека и Номада, а затем уходит из кадра, произнося фразу: "Запомни меня".