Название Бокудэн относится к почти легендарному Цукахара Бокудэн (1498 – 1571). В своё время Бокудэн был известен как Кэнго, или «мастер фехтовальщик», и сделал себе имя, путешествуя по всей стране, совершив три муся сюгё (»воинские странствия», последнее он совершил в шестидесятилетнем возрасте). Бокудэн признаётся основателем школы фехтования Синто-рю. Тем не менее, не найдено ни одного дэнсё написанное им. Те школы, которые утверждают, что произошли от Бокудэна, имеют рукописи, написанные более поздними поколениями. В случае с Бокудэн-рю это был Исии Бокуя, племянник Цукахара Бокудэна, который записал кудэн (устное учение), и назвал школу его именем (в некоторых рукописях оно записывается, как Синто-рю Бокудэн-рю). От Иситани Бокуя школа перешла к Исихара Исибэй Ёсихиэ, который стал третьим главой школы. Несколько поколений традиция сохранялась в семье Исихара, перед передачей Хара Иёноками Нюдо. Особое влияние на раздел дзюдзюцу в рюха оказал глава школы тринадцатого поколения, Аоя