Основателем этой традиции является Исахая Тёдзаэмон Нобумаса (水早長左衛門信正) изучавший дзюдзюцу и баттодзюцу у буддийского монаха по имени Сэйго. Позже он назвал свою школу в честь своего учителя. Кроме дзюдзюцу и баттодзюцу, в Сэйго-рю было включено хозёдзюцу (техники связывания). Одним из лучших учеников Исахая был Кадзивара Гэндзаэмон Наокагэ (梶原源左衛門直景), передавший Сэйго-рю воинам княжества Овари (Примечание: в провинции Овари развивалась одна из ветвей школы фехтования Синкагэ рю, Овари Синкагэ рю).
В конце XVIII века, Нагаока Фусахидэ Торэй (長岡房英), один из лучших учеников школы Синкагэ-рю и ассистент главы Синкагэ-рю, овладел сутью Сэйго-рю и разработал теорию и практику в соответствии с принципами Синкагэ-рю, тем самым создав ветвь Ягю Сэйго рю.
(Примечание: Нагаока также сыграл важную роль в развитии Синкагэ-рю. В этой школе имеется два раздела техник фехтования на мечах. Первый называется Найдэн («Внутренняя передача») и представляет сбой ката, разработанные Камиидзуми Исэ-но ками, и впоследствии изменённые семьёй Ягю. Второй, который связан с Нагаока, называется Гайдэн («внешняя передача») и часто описывается как «форма боевых действий». Это быстрый обмен ударами, представляющий собой последовательность из атакующих и защитных действий).
В период Мэйдзи, учебная программа Сэйго-рю была пересмотрена 19-м Сокэ Овари Синкагэ рю Ягю Тоситика (柳生厳周) и его сыном-преемником Ягю Тосинага (柳生厳長, соответственно, 20-м Сокэ Овари Синкагэ рю). Это был период, когда переход от бугэй к будо был в самом разгаре, ознаменовавший собой появление таких дисциплин как кэндо, иайдо, дзюдо и других, ставшие общедоступными и соревновательными. Поэтому, даже техники Сэйго-рю, дошедшие до наших дней, могли быть изменены в связи с новыми целями. Сегодня главой школы Ягю Сэйго-рю является 14-ый Сокэ Ягю Коити (22 Сокэ Овари Синкагэ-рю).
В своей нынешней практике, Синкагэ-рю и Сэйго-рю прекрасно иллюстрируют два взаимодополняющих аспекта практики с партнёром и в соло.
В Синкагэ-рю изучается большое количество форм, будь то ката Найдэн или боевые формы Гайдэн. Первые три уровня из десяти, составляют основу практики. В течение этого периода, начинающий обязан изучить 8 форм, некоторые из которых могут содержать до 14 связок, которые затем дойдут до 60 последовательностей. Впоследствии, при достижении среднего уровня практики, и уже не являясь новичком, к концу четвёртого уровня количество связок увеличивается до 100.
В Сэйго-рю наоборот, вы изучаете меньшее количество форм, и тратите больше времени, чтобы понять их. При этом, формы Сэйго-рю имеют общие точки соприкосновения с Синкагэ-рю, что позволяет увидеть ката баттодзюцу в новом свете, опираясь на парную практику. Также в обеих школах используется катана короче, чем обычная, что позволяет быстрее выхватить меч и вести бой на более короткой дистанции.
Баттодзюцу школы Ягю Сэйго-рю
Иай омотэ (9 техник), Иай Ура (7 техник), Татиай Омотэ (2 техники), Татиай Ура (8 техник), Нанакадзё (8 техник), Гокадзё (6 техник), Гокуи (3 техники)
Схематические рисунки первых семи базовых техник Сэйго-рю иайдзюцу