Общее руководство обороной в районе посёлка Аджимушкай 14 мая было возложено командованием фронта на полковника П.М. Ягунова, который был начальником боевой подготовки Крымского фронта и одновременно вторым заместителем начальника штаба фронта [1; 35-36]. Отряды, находившиеся под его командованием, получили название «отряда Ягунова» [1; 36]. Состояли эти отряды первоначально из работников штаба фронта, резервов командного и политического состава фронта, курсантов авиашкол. Позже возросло количество отрядов, состоявших из бойцов 51-й армии, отступивших на данный рубеж. Руководство обороной на рубеже перешло к командующему 51-й армией [1; 36].
На участке обороны 44-й армии действовали сводные отряды под командованием полковника Д.С. Куропатенко, подполковников П.М. Татарчевского, И.М. Пашкова, А.Т. Кияшко и ряда других [1; 36]. В течение 16 и 17 мая эти отряды обороняли посёлок Колонка и завод имени Войкова, постоянно переходя в контратаки. Так, подполковник А.Т. Кияшко докладывал утром 16-го об атаке своего отряда, проведённой накануне ночью, что атака прошла успешно, противник сбит со своих позиций и понёс большие потери. Успех можно было бы развить, но сил у отряда для этого недостаточно (отряд подполковника А.Т. Кияшко состоял в основном из остатков 384-го стрелкового полка 157-й стрелковой дивизии) [1; 36].