В городе есть свой железнодорожный вокзал. В области есть города, не имеющие такой привилегии.
Впервые железнодорожный вокзал в городе открыли 4 июня 1870 года, ввиду регулярного сообщения Рыбинско-Бологовского направления. Здание было деревянным и в 1904 году сгорело.
Было принято решение отстроить новое здание, которое поручили той же компании и в 1904-1905гг. возвели двухэтажное здание в стиле "модерн", со стороны платформы над перроном была возведена деревянная крыша.
Новый вокзал располагал рестораном, в период расцвета стал культурным центром городской светской жизни.
В 1995 году по Указу Президента здание рыбинского железнодорожного вокзала было объявлено объектом культурного наследия федерального значения.
В советский и постсоветский период капитально не ремонтировалось и к началу 2000-х годов пришло в упадническое состояние.
И в 2008 году было решено закрыть здание на полную реконструкцию.
Рядом с монументальным в 2006г. построили современный административно-хозяйственный корпус с билетными кассами и залом ожидания, который взял на себя работу по обслуживанию пассажиропотока.
Закрытый с 2008 года исторический вокзальный объект долгое время ожидал начала работ. Из-за вопросов согласования бюджета города и РЖД полномасштабные работы начались только в 2011 г.
Здание вокзала было полностью реконструировано и открыто для пассажиров в 25 ноября 2014 года. К ж/д вокзалу присоединили и станцию автовокзала, теперь они находятся вместе.
Само здание и прилегающая территория очень напоминают изначальный внешний вид, как при открытии в 1905 году, с доработками для современного использования.
Поезда курсируют ежедневно, как пригородные (внутри области), так и дальнего следования. Так же есть специальный туристический ретро-поезд.