К сожалению, изображения старой малаховской церкви не сохранилось. Известно лишь то, что построена она была в 1905 году, была деревянной, однопрестольной, во имя Святого Пророка Божьего Илии. Но самостоятельность малаховский приход получил лишь в 1910 году, по Указу Святейшего Синода под № 7408 от 28 мая 1910 года. Относилась церковь к 28 благочинию Томской епархии. Чтобы иметь свою собственную церковь малаховцы построили собственными силами дома для священнослужителей и обязались содержать их (священника и псаломщика) за счёт общества: ежегодно платить жалованье 600 рублей и поставлять 475 пудов руги (натуральная плата овсом, рожью, мукой и т.п.). При церкви имелось 99 десятин пахотной и сенокосной земли. Доходы от треб (плата прихожан за венчание, причащение, крещение и т.п.), по данным 1914 года,) доходили до 400 рублей.
Тогда же и был назначен Преосвященным епископом Мелетием на свою должность священник Варсанофий Александрович Сорокин. К тому времени это был уже опытный пятидесятилетний священнослужитель, закончивший Омскую учительскую семинарию, преподававший в школах гражданского ведомства, за что в 1906 году был награждён серебряной медалью. Переведён он был к нам из села Семёно-Красиловского. Но быстро заслужил уважение и на новом месте: в 1914 году он был назначен духовником 28-ого благочиния и утверждён кандидатом в депутаты на общеепархиальные съезды.
Должность псаломщика 14 июня 1910 года получил выпускник пятого курса Томской духовной семинарии Валентин Васильевич Попов. 1 мая 1913 года его заменил Фёдор Варсанофьевич Сорокин (вероятно, сын священника).
В источниках отмечается, что Косихинская волость являлась одним из лидеров епархии по количеству раскольников (старообрядцев). Не являлось исключением и Малахово. Согласно сведений епархии, которая активно боролась с расколом, на территории нашего села проживали так называемые раскольники часовенного толка. Название этого толка происходит из того, что его представители совершали таинства в часовнях, без алтарей.
Церковь была сожжена А. Перкелем, местным жителем, в начале 30-х годов 20-ого века. Есть версии, что совершил он это из хулиганских соображений, есть мнение, что это деяние по замыслу должно было закончить противостояние между комсомольцами и набожными старухами по поводу организации в церкви сельского клуба.
В 2019 году в Малахово был построен и освящён новый храм, так же во имя пророка Илии.