Темы рассказа - это деревня, школа, отношения людей, и нелегкая советская история.
Название рассказа имеет не только буквальный, но и второй, метафорический смысл.
Произведение начинается с сравнительно легкой по содержанию истории маленького озорника - он переиграл в снегу, застудил свои и без того болезненные колени и потому не смог прийти на такое важное, редкое и счастливое событие, как общая школьная фотография. Конечно, это огорчение, но масштаб его преходящий.
Хотя и у этого школьника есть действительно серьезные проблемы - во-первых, он сирота, за которым ухаживают как могут старые люди - бабушка и дедушка. И одному Богу известно, надолго ли их хватит... Мы догадываемся, что родители погибли по причине общей разрухи и трудной жизни, которые выпали на долю деревни в прошлом веке. Вторая проблема - это очень больные (хронически) ноги. Эта болезнь, нетипичная для ребенка, сигналит о плохом состоянии медицины в ту эпоху, наверняка и о плохом питании и в целом о весьма трудной и неустроенной жизни в советской довоенной деревне.
Но постепенно рассказ переходит в повествование, которое уже очень далеко от личных проблем маленького хулигана-школьника. Начинают вырисовываться другие, еще более серьезные и драматические проблемы. Начинается образ прошлого, в котором еще нет этого мальчика - то есть мы видим как бы фотографию той эпохи, в которой еще нет рассказчика. Поэтому, наверное, не зря Астафьев так назвал свой рассказ - "Фотография, на которой меня нет". Ведь в рассказе он незаметно превращается во взрослого человека, занятого размышлениями и воспоминаниями о других людях, поэтому рассказчик чем дальше, тем больше вглядывается в земляков, в их прошлом и в настоящем, и их истории ему гораздо важнее своей собственной.
Мы видим раскулачивание и выселение, происходящее в сибирской деревне на берегу Енисея, страшное лицо эпохи ликвидации имущества. Мы видим, как бесправно и беззащитно население перед лицом безумной пост-революционной власти: как людей выгоняют из их собственных домов, а потом присваивают, разоряют и просто бездумно, бессовестно губят их имущество, их хозяйство. Словом, мы наблюдаем духовный хаос и материальную разруху. Никакие антиутопии, к сожалению, не нужны, когда читаешь просто вот такую историю.
Когда выселили из дома деда Павла с семьей — не знаю, но как выселяли других, точнее, выгоняли семьи на улицу из собственных домов — помню я, помнят все старые люди.
Раскулаченных и подкулачников выкинули вон глухой осенью, стало быть, в самую подходящую для гибели пору. И будь тогдашние времена похожими на нынешние, все семьи тут же и примерли бы. Но родство и землячество тогда большой силой были, родственники дальние, близкие, соседи, кумовья и сватовья, страшась угроз и наветов, все же подобрали детей, в первую голову грудных, затем из бань, стаек, амбаров и чердаков собрали матерей, беременных женщин, стариков, больных людей, за ними «незаметно» и всех остальных разобрали по домам.
И так посреди этого безумия постепенно вырастает образ людей, все-таки не потерявших человеческий облик. На них все и держится. Это добрые люди, не потерявшие чувство взаимовыручки, родства, землячества. Среди таких людей - бабушка рассказчика Катерина Петровна, которая одаривает теплом и заботой и внука, и односельчан. Ее цветы, оживающие каждую весну, символизируют возрождение жизни благодаря заботливым людям, несмотря на все разрухи.
И учитель Евгений Николаевич (судя по всему, он с супругой - единственные учителя в маленькой деревенской школе-избе), который всей душой заботится о школе и о ребятах. А ему те отвечают не меньшей любовью и уважением.
И каждый человек, мечтающий стать учителем, пусть доживет до такой почести, как наши учителя, чтоб раствориться в памяти народа, с которым и для которого они жили, чтоб сделаться частицей его и навечно остаться в сердце даже таких нерадивых и непослушных людей, как я и Санька.
В сердцах вот этих людей живет человечность. Это и друг самого Витьки, Санька, который решил поддержать Витьку в его болезни и тоже не пошел фотографироваться из чувства дружеской солидарности.
В финале рассказа маленький рассказчик вновь возвращается и повествует о еще одном факте неравнодушии и теплоте Евгения Николаевича, который пришел навестить своего ученика во время его болезни и принес ему фотографию класса, на котором нет самого Витьки. Этот поступок мудрого учителя символичен - он хотел показать, что весь класс должен быть нам дорог сам по себе, что мы не должны интересоваться только своей собственной личностью на общей фотографии. Это было незаметное духовное напутствие учителя в жизнь ребенку.
Так и произошло в жизни повзрослевшего Витьки - теперь он вспоминает обо всех земляках и они все одинаково важны и дороги ему.