Остров Фелисите был назван в честь Фелисите Лезур - дочери французского капитана и подруги Никола Марион-Дюфрена, французского исследователя океанов.
Некоторое время Марион-Дюфрен занимал должность начальника порта на Маврикии, в Порт-Луи в конце 1700х годов.
В 1875 году султан Абдулла Мухаммад Шах II из Перака (Малайзии) оказался сослан британцами на Сейшельские острова. Султан обвинялся в убийстве первого резидента Британии в Пераке. В окружении султана оказались еще трое начальников, которые подозревались в причастности к преступлению: Мохамед Амин Хан (экс-губернатор), Аксманах Хан (бывший судья) и Шах Бандер Хан (бывший офицер порта). На Фелисите на пять лет также были сосланы пожилая мать султана, четыре жены, три дочери и несколько сыновей.
Позднее всем разрешили вернуться в Викторию на Маэ, где они жили уже в шикарных условиях, общаясь с высшим светом колонии. В 1887 году по случаю юбилея королевы 120 сейшельских плантаторов, торговцев и других видных деятелей страны подписали петицию к губернатору Маврикия (Сейшельские Острова тогда были еще зависимы от него) с просьбой освободить султана Абдуллу. Это произошло в 1895 году.
В общей сложности султан провел на островах двадцать лет перед тем, как вернуться в Перак. Но на Сейшелах умерла принцесса Решия (одна из жен). Она была первой мусульманкой, похороненной на кладбище Мон-Флери, близ Виктории.
В период ссылки султан очень полюбил французскую романтическую мелодию Rosalie, и по возвращению в Перак сделал ее Государственным гимном султаната.
После отъезда Абдуллы остров Фелисите превратили в кокосовую плантацию с населением 50 человек. 21 марта 1902 года возник план организовать здесь тюрьму для 250 южноафриканских повстанцев, приговоренных к каторжным работам. Но год спустя, после отделения Сейшел от Маврикия, план утратил актуальность.
Остров продолжал оставаться плантацией для выращивания кокосов, корицы, кешью и других культур. Также отсюда поставлялись лиственные породы деревьев Такамака, используемые для изготовления мебели и для судостроения.
В 2008 году на Фелисите начались масштабные работы по восстановлению леса с целью избавить остров от инвазивных видов, завезенных в период существования плантации.
Остров восстановлен в изначальном виде, с эндемичными видами растений и птиц в естественной среде обитания.
Осенью 2016 года на Фелисите открылся роскошный курорт Six Senses Zil Pasyon. Он состоит из 30 вилл c бассейнами, частных резиденций, доступных к приобретению в собственность.