Рабочие пласты на реке Хальмер-Ю были открыты летом 1942 года, партией геолога Г. А. Иванова. Уголь нового месторождения относился к марке «К», самой ценной для коксохимического производства. На месте будущего посёлка решено было оставить группу рабочих для определения параметров месторождения.Разведку нового месторождения было решено продолжить, и весной 1943 года работы возглавил лауреат Государственной премии СССР Г. Г. Богданович. За лето была создана необходимая материальная база, уже к осени жило около 250 человек. Шахта начала свою работу в 1957 году, её среднесуточная добыча составляла 250 тонн.
С переходом новой России к рыночной экономике встал вопрос о целесообразности существования Хальмер-Ю. 25 декабря 1993 года правительство РФ приняло постановление о ликвидации шахты. Осенью 1995 года планировалось завершить ликвидацию посёлка, причём правительство пыталось осуществить процесс по мировым стандартам, что потребовало огромных финансовых и материальных ресурсов. В результате при выселении использовались силы ОМОНа. Вышибались двери, людей насильно загоняли в вагоны и вывозили в Воркуту. Новое жилье предоставили не всем, некоторые получили недостроенные квартиры, другие были переселены в общежития и гостиницы Воркуты.
Сейчас территория посёлка используется как военный полигон под условным названием «Пембой». 17 августа 2005 года в ходе учений стратегической авиации бомбардировщик Ту-160, на борту которого находился Президент Российской Федерации Владимир Владимирович Путин, произвёл запуск трёх ракет по зданию бывшего дома культуры посёлка Хальмер-Ю. К великому сожалению съездить туда не получится сами понимаете по каким причинам.