Можно!
С налоговой как и с другим госорганом необходимо спорить исключительно по формальным основаниям. В законе написано, значит, должно быть так. Не выполнили в срок? Не запрещено? Значит, разрешено))
Споры с госорганами обычно не про поиск истины и справедливости, а именно про несоблюдению норм права в чистом виде.
По секрету скажу, что за последние годы процент побед налоговой в судах очень сильно возрос. Раньше они проигрывали на порядок чаще.
При этом ФНС обладает отличным электронным порталом, позволяющим заполнять декларации и обращения прямо из дома.
Ошибается налоговая? Конечно! С ними нужно держать ухо востро. Бесконечно начисляемые пени, неверен подсчитанный вычет и куча всего.
В общем, если сомневаетесь в законности решений ФНС идите сначала на консультацию. Здесь у вас есть выбор - найти налогового юриста или бухгалтера /экономиста по налогам. Зачем бухгалтера? Если у вас ИП, ООО, то они вам расскажут интересные нюансы, ведь они сами нередко спорят с налоговой или оптимизируют налогообложение. Но в суд, конечно, только с юристом 😉