Утром 6 июня 1877 года гарнизон Баязета вышел на разведку практически в полном составе. Командующий Баязетским округом Пацевич даже забрал одну роту из цитадели, комендантом которой являлся капитан Штоквич. Этим он серьезно ослабил оборону цитадели, где по распорядку караульную службу несла одна рота, а вторая её сменяла.
В Баязете остались только рота солдат, казачья команда в 23 человека и два орудия. Также в пригороде стояла лагерем еще одна пехотная рота.
Пройдя около 20 километров русская колонна уткнулась в доминирующую над местностью высоту. На её гребень взошла казачья сотня и затем пехотная рота. И там они увидели массы турецкой кавалерии и пехоты. Сильным турецким огнём они были сбиты к основной колоне, которая затем атакована кавалерией из кавказских горцев (командовал ими любимый сын Шаимля Кази-Мухамед) и двумя батальонами турецкой пехоты из резервистов.
Пацевич отдал приказ на отступление, которое вскоре стало превращаться в бегство.
Преследование русской колоны вели курды и турецкие ополченцы. Поэтому оно было неорганизованным, что позволило Пацевичу собрать силы в кулак и организовать отпор.
Из-за медлительной пехоты казаки не могли оставить её без охранения и несли большие потери. На всех начала сказываться усталость от многочасового перехода:
- …более ослабевшие, обливаясь по́том, падали без чувств; иной, видя подскакивавшего всадника, под влиянием потери сил, вскрикивал только: «Прощайте, братцы!» и падал проколотый пикой - Гейнс К. К. Славное Баязетское сиденье в 1877 г. // Русская старина. — СПб.: Тип. В. С. Балашева, 1885. — Т. 45, вып. 1—3.
В конце концов русская колона была окружена с трех сторон и беспощадно обстреливалась. У переправы через ручей солдаты стали пить воду и так строй полностью расстроился. Это вызвало неразбериху и только после того как казачьи сотники наконец смогли собрать свои сотни она прекратилась (казаки смешались с пехотинцами во время отступления). Но до этого курды успели порубать много пехоты, безнаказанно врываясь практически в самую гущу. Казаки собравшись, смогли оттеснить их и стали охранять пехоты с флангов.
Однако при переправе был ранен, а затем убит на носилках шальной пулей бывший командующий Баязетским округом подполковник Ковалевский, пользовавшийся большим авторитетом у солдат и взявший на себя командование отступлением. Солдаты несли тело своего командира на руках и под носилками было убито 22 человека. Тело было доставлено в цитадель.
Казаки собравшись с силами смогли выбить турок с перевалов и пехота смогла отойти к самому Баязету. Им навстречу вышли оставшиеся казаки под командованием урядника Севастьянова. Но их было слишком мало и они смогли только подобрать раненых:
- Проскакав версты 3 от крепости, нам на встречу несли раненных солдат и казаков, а некоторые, перевязанные, шли сами, ― с носилок стоны и крики пронизывали наши сердца… Лишь только вошла моя команда под выстрелы, был ранен из неё казак Толмачёв (ст. Казанской)… Это было первое моё боевое крещение — из воспоминаний урядника Севастьянова
Большую помощь оказала рота стрелков, оставшаяся лагерем у Баязета. Она метким огнем прикрыла отход русской колоны. Но и ее огня было недостаточно и отступавшим грозило полное уничтожение, если бы не Исмаил-хан Нахичеванский, прибывший только утром 6 июня в крепость.
Получив команду прикрыть отход, он со своими подуставшими за ночной переход тремя сотнями конной милиции занял удобную позицию и в течение двух часов сдерживал атаки курдской кавалерии, не давая тем ворваться в город на плечах отступающих. Только когда не осталось патронов, милиционеры не выдержали и бросились врассыпную, погибнув большей частью под ятаганами.
- …курды насели так энергично, что сотни мои точно растаяли: многие были перебиты, других схватили в плен, третьи разбежались. Со мной осталось только 28 человек с 4 офицерами, в числе коих был и мой сын — из интервью с Исмаил-ханом Нахчыванским
Но благодаря милиции многие смогли спастись и успели отойти в крепость. Также удачно пристрелялись два крепостных орудия и их огонь нанес большие потери курдским и горским кавалеристам.
Больше всего русским помог сам турецкий командующий Фаик-паша. Он не стал вводить в бой пехоту, положившись на иррегулярную конницу, которая не могла захватить крепость. Это и спасло гарнизон Баязета от полного уничтожения в первый же день осады.
Пацевич после того как основные силы собрались в крепости сделал попытку отбросить турок от города. Сформировав несколько рот он бросил их на очистку города и окрестностей. Там многие и погибли в уличных боях.
В 18.30 ворота крепости закрылись и все кто остался снаружи были обречены на мученическую смерть вместе с вырезаемым армянским населением. Турки в резне участия не принимали, а многие турецкие семьи в Баязете укрывали соседей-армян (и попадали вместе с ними под ятаган, если тех у них находили). В Баязете орудовали тысячи курдов, которые от мародерства перешли к физическому уничтожению армянского, а затем мусульманского населения. Часть армян удалось спасти благодаря Фаик-паше, который к 8-му июня велел своим солдатам прекратить бесчинства, отобрать армянских женщин и детей, захваченных курдами. Выживших под охраной отправили в Персию. Баязетская резня нанесла Османской империи большой репутационный вред и стала причиной негативного отношения к ним в западных странах (хотя турки и сами пострадали).