5 ноября 1926 года митрополита Петра Полянского приговорили к трем годам ссылки за контрреволюционные взгляды и отправили в Тобольск. 1 января 1927 года из Перми, с этапа, местоблюстителю удалось отправить Послание всем чадам Церкви, которое заканчивалось словами: "Молитесь и в уповании веры вашей мужайтесь и укрепляйтесь", – писал он. За свое мужество в руках мучителей митрополит Петр Крутицкий стал так же любим и почитаем верующими, как и его предшественник Патриарх Тихон. Его ежедневно поминали за богослужениями как главу Церкви, хоть он и был далеко от своей паствы.
Фактически после ареста митрополита Петра его обязанности как главы Церкви стал исполнять митрополит Сергий Старгородский, которого теперь называли "заместителем местоблюстителя". Он-то и пошел на тот самый компромисс с властями, которого большевики безуспешно добивались от Патриарха Тихона, а потом от митрополита Петра.
Местоблюститель Петр Крутицкий считал новую позицию Церкви большой ошибкой и трижды обращался к митрополиту Сергию с призывом ее исправить.
иерей Александр Мазырин, доктор церковной истории:
Он призывал митрополита Сергия действовать как раньше, не втягивая церковь в политику. Как это в свое время еще сформулировал патриарх Тихон: православная российская церковь не будет ни белой, ни красной, но единой соборной и апостольской церковью. Вот к этому митрополит Пётр призывал и митрополита Сергия. Но его письма были перехвачены органами ОГПУ. И ОГПУ интерпретировало это по-своему, что якобы митрополит Пётр готовит смещение митрополита Сергия.
Вскоре митрополита Петра выслали еще дальше, за Полярный круг, на берег Обской губы, в ненецкий рыболовецкий поселок Хэ, где девять месяцев в году стоит лютая зима, а летом все покрыто тучами насекомых.
Хотя обычно за пожилым архиереем в ссылку добровольно отправлялся кто-то из монахов, для помощи в быту, митрополиту Петру никого не позволили взять с собой. В заполярной ссылке он оказался в одиночестве. "На старости лет приходится подвижничать по-пустынному", – писал митрополит Петр из заточения.
иерей Александр Мазырин, доктор церковной истории:
Он там жил один, снимал угол в избушке у местной жительницы ненки или, как тогда называли, самоеды. Сам колол дрова, сам грел воду, сам как-то себя обеспечивал, несмотря на то, что был уже старым больным человеком. Но при этом он не терял крепости духа, служил там у себя в этой самой избушке, крестил детей, венчал местных жителей. Они его любили, как могли, его поддерживали.
Через несколько лет митрополита Петра Крутицкого снова арестовали и отправили в Тобольскую тюрьму. С тех пор он содержался только в одиночных камерах – чтобы исключить саму возможность контакта с внешним миром. Владыке Петру предлагали сотрудничество со спецслужбами в обмен на свободу и снова требовали отречься от местоблюстительства.
Глеб Запальский, кандидат исторических наук:
Он от своего титула не отказывался. И, более того, ну, вот, насколько известно, он даже так, можно сказать, дерзко утверждал своим следователям, что вот Патриарх Тихон назначил трех местоблюстителей, я в свою очередь тоже назначил трех. И вот каждый из нас будет вот так вот назначать всё новых и новых, в общем, хватит на тысячу лет духовенства, всех не арестуете.
В 34-м году – новый этап: на этот раз, перевод в тюрьму особого назначения города Верхнеуральска. Эта тюрьма была построена незадолго до революции, и большевики содержали в ней особо опасных политических преступников – в том числе, вчерашних первых лиц страны: Каменева, Зиновьева. Казалось, здесь митрополита Петра поместили в такие условия, в которых выжить уже совершенно невозможно: в подвальной камере, без окон, - каменном мешке, - на прогулку выводили только по ночам. Надеялись, что такие условия содержания в конце концов его сломят и он пойдёт на какие-то нужные властям уступки, но митрополит Пётр был непреклонен, никакие условия компромисса, которые ему ставились, он не принимал.
Никакой связи с патриаршим местоблюстителем не было, никто не знал, где он и что с ним, но верующие понимали: если он не на свободе, значит, не сдался.
иерей Александр Мазырин, доктор церковной истории:
Сам факт его многолетнего пребывания в узах свидетельствовал о том, что митрополит Пётр не сломлен. Иначе бы его освободили, если бы он пошёл на требования, на уступки его бы освободили и использовали в интересах богоборческой власти. Но он продолжал нести свой крест, до конца и, тем самым, и других укреплял и вдохновлял хранить твёрдость в исповедании веры.
В письме, которое ему удалось передать на волю, владыка Петр Крутицкий писал: «Я постоянно стою перед угрозой более страшной, чем смерть. Меня особенно убивает лишение свежего воздуха, мне еще ни разу не приходилось быть на прогулке днем; не видя третий год солнца, я потерял ощущение его".
Алексей Беглов, кандидат исторических наук:
В какой-то момент его водили гулять, но не в обычный двор, куда выводили всех заключенных, а в какой-то такой узкий проход, куда выходили стоки туалетов тюремных. И это была, конечно, просто пытка, просто издевательство над стариком.
В декабре 1936 года НКВД объявило о смерти митрополита Петра Полянского, и в Москве после этого известия митрополит Сергий Старгородский принял на себя титул патриаршего местоблюстителя.
На самом деле оплаканный народом владыка Петр по-прежнему жил в застенках, теперь уже в полной безвестности. Пастыри совершали по нему панихиды, верующие поминали его за упокой. И только в следующем году, страшном 37-м, патриарший местоблюститель Петр был расстрелян. Место его казни, как и место захоронения священномученика, так и осталось неизвестными. Уже в наши дни исследователи выяснили, что скорее всего митрополит Петр Полянский окончил свои дни в Верхнеуральской тюрьме.
Из документального фильма "День Ангела. Священномученик Петр (Полянский)":