В течение нескольких лет к делу капитана французской армии было приковано внимание всей Европы. Судебная ошибка оказалась лакмусовой бумажкой для общества.
В сентябре 1894 года в руки французской разведки попала анонимная записка, автор которой сообщал германскому военному атташе в Париже полковнику Шварцкоппену о своей готовности продать пять секретных документов военного министерства. Как водится в подобных случаях, первым делом установили лиц, имевших доступ к документам. В круг подозреваемых попали шесть офицеров: пять потомственных военных с длинными родословными и капитан Альфред Дрейфус, эльзасский еврей.
15 октября 1894 года Дрейфус, образцовый офицер, не пользовавшийся, правда, из-за своего непростого характера расположением товарищей, был арестован и передан военному суду по обвинению в государственной измене. В декабре состоялся суд, проходивший за закрытыми дверями. Главным доказательством послужила экспертиза почерка капитана, как впоследствии выяснилось, сфальсифицированная. Сотрудники спецслужб регулярно подбрасывали судьям некие «секретные материалы», не знакомя с ними обвиняемого и его защитников. Ещё до начала процесса националистическая газета La Libre Parole сообщила об «измене» капитана как об установленном факте, сделав при этом упор на его еврейское происхождение. 5 января 1895 года Дрейфуса, лишённого чинов и званий, приговорили к пожизненному тюремному заключению на Чёртовом острове во Французской Гвиане.
В марте 1896 года бывшая пассия одного из первоначально попавших под подозрение офицеров, майора Эстерхази, донесла в контрразведку, что он в разговорах с ней постоянно восхвалял Германию и ругал Францию. Начальник контрразведки полковник Жорж Пикар распорядился провести проверку. Выяснилось, что Эстерхази жил явно не по средствам. Почерковедческая экспертиза подтвердила, что записку германскому военному атташе написал именно он.
Однако один из бывших подчинённых Пикара и одновременно главный свидетель со стороны обвинения против Дрейфуса, майор Анри, решивший не допустить пересмотра дела Дрейфуса, совершил, как потом говорили, «патриотический подлог». Вначале он перехватил письмо итальянского военного атташе немецкому, а затем соответствующим образом переделал его. В результате его манипуляций это послание стало ещё одним якобы свидетельством измены Дрейфуса.
Буквально через несколько дней после оправдательного приговора Эстерхази в газете L’Aurore, главным редактором которой был Жорж Клемансо (ещё несколько лет назад требовавший повесить Дрейфуса), было опубликовано открытое письмо знаменитого уже тогда писателя Эмиля Золя президенту Франции Феликсу Фору. Клемансо придумал броский заголовок — «Я обвиняю».
Письмо Золя вызвало бурю. За первые несколько часов было продано двести из трёхсот тысяч экземпляров спецвыпуска L’Aurore с памфлетом писателя. На следующий день в газетах вышла петиция в поддержку обвинительного письма Золя. Её подписали несколько видных ученых, писателей, поэтов и художников, озаглавившие своё заявление «Протест».
Несколько лет во Франции существовали две партии: антидрейфусары и дрейфусары. Первая объединяла националистов, клерикалов и приверженцев сильной власти, вторая — демократов, правозащитников и интеллигенцию. Одни использовали дело Дрейфуса для демонстрации силы, другие — для нанесения оппонентам пропагандистских ударов.
Отголоски бури докатились и до России. Антон Чехов, выступавший в защиту Дрейфуса, рассорился со своим издателем Алексеем Сувориным, придерживавшимся противоположных взглядов.
Исход дела решили не закон и доказательства, а политическая воля. В феврале 1899 году президентом стал либеральный политик Эмиль Лубе. Военные ответили на его избрание неудавшимся путчем. Через несколько месяцев суд приступил к повторному рассмотрению дела Дрейфуса. Общественное возбуждение и напряжение страстей достигли крайних пределов: во время процесса даже было совершено покушение на жизнь защитника Дрейфуса, Лабори, отделавшегося лёгким ранением.
Защита настаивала на вызове немецкого резидента Шварцкоппена, которому якобы и направлял донесения Дрейфус, и итальянского атташе Паницарди, но в этом было отказано. Однако Шварцкоппен сделал заявление через печать, что документы им получены именно от Эстерхази, а германское правительство даже напечатало в Reichsanzeiger официальное заявление, что с Дрейфусом оно никогда не имело дела.
Процесс продолжался с 7 августа по 9 сентября 1899 года. Большинство судей (пять против двух) вновь признали Дрейфуса виновным, но при необъяснённых смягчающих вину обстоятельствах. В результате он был приговорён теперь уже к десяти годам заключения вместо пожизненного срока.
19 сентября президент помиловал Дрейфуса своим указом. Часть дрейфусаров решила, что их кумир, согласившись на помилование, проявил беспринципное малодушие. Попытка привлечь к суду виновных в фальсификации дела не удалась, поскольку парламент «во имя национального согласия» принял специальное постановление об амнистии.
В 1903 году Дрейфус подал кассационную жалобу, рассмотрение которой тянулось ещё три года.