Институт педиатрии Универститетской клиники ПИМУ организован на базе бывшего НИИ детской гастроэнтерологии. В состав входят педиатрическое отделение, отделение гастроэнтерологии и нарушений обмена веществ, консультативно-диагностическое отделение с лучевой диагностикой и дневным стационаром, палата анестезиологии-реанимации, а также неврологическое отделение, занимающееся восстановительным лечением детей с ДЦП, ранней помощью детям с перинатальной патологией, задержкой психо-моторного развития, и центр длительной реабилитации детей «Добрый сад», центр диагностики и лечения опухолей кожи.
На базе консультативно-диагностического отделения с лучевой диагностикой и дневным стационаром оказывается консультативная помощь на возмездной основе детям и взрослым по следующим врачебным специальностям: педиатрия, гастроэнтерология, пульмонология, детская ревматология, детская кардиология, детская эндокринология, диетология, лечебная физкультура, медицинская реабилитация, ультразвуковая диагностика, неврология, аллергология-иммунология, дерматология, физиотерапия, ЛОР.