Нужно одновременно нажать клавишу alt gr (cправа от пробела) при выбранной эстонской раскладке клавиатуры и букву s или z - тогда получится š или ž cоответственно.
Если нужны большие буквы, то надо нажать сразу 3 клавиши - вот эти перечисленные и ещё shift (обычно это клавиша слева от буквы z).
