Ещё большими неровностями характеризуется топография морского дна по краю Зондского архипелага. Здесь на значительном протяжении с северо-запада на юго-восток, особенно между Явой и островом Рождества, располагается глубокая впадина, подобная окраинным впадинам Тихого океана. В 1906 г. лотом измерено 7000 м всего на расстоянии 250 км на юг от Явы (10°Г ю. ш. и 116°50' в. д.). Долгое время эта глубина считалась максимальной в Индийском океане, причём обнаружены были чрезвычайно крутые склоны этой впадины: всего на расстоянии 2—3 миль от берега острова Рождества лот показывает уже 1830 iи *. Однако измерения эхолотом, произведённые с 1925 по 1928 г., уточнили и усилили характеристику этой абиссальной впадины и крутизну её склонов. На 10°2Г ю. ш. и 110°06' в. д. в Яванской впадине была найдена глубина в 7450, м, причём 8 других измерений дали глубины более 7000 м, а 24 — -от 6000 до 7000 м\ сверх того, в открытом океане, вдали от какого бы то ни было материкового склона, было обнаружено необычайно крутое падение дна: на протяжении 1,5 миль оно равно 219 м (что даёт склон в 7,88%) и даже более — 230 м на милю (12,42%); такие неровности дна до сего времени редко наблюдались вдали от берегов. Это разнообразие рельефа дна на западе и на северо-востоке Индийского океана явно стоит в связи с неустойчивостью земной коры в Малгашском районе и в районе Зондского архипелага: в первом районе особенно часты землетрясения, хотя здесь обнаруживается на островах Реюнио-н и вулканическая деятельность. Второй район характеризуется одновременно с сильнейшими землетрясениями и сильнейшей зулканической деятельностью.
