Концепция модуляции кишечной среды рассматривает не только состав микробиоты, но также ее функцию и взаимодействие с хозяином. В настоящее время известно, что диеты, богатые жирами, усиливают секрецию желчи, способствуя перевариванию липидов. Желчные кислоты обладают антимикробными свойствами; их действие вызывает повреждение бактериальных мембран и оказывает сильное избирательное давление на состав микробиоты. Исследования, проведенные на крысах, выявили сильную устойчивость рода Firmicutes к желчным кислотам, в частности к классам Clostridia и Erysipelotrichia и семейству Enterobacteriaceae. Эти данные согласуются с преобладающим присутствием Firmicutes у людей, соблюдающих западную диету.
С другой стороны, рН кишечника может колебаться между 5 и 7 в нормальных физиологических условиях, в зависимости от присутствующих продуктов ферментации и абсорбции метаболитов эпителиальными клетками хозяина и их уровня секреции бикарбоната. PH кишечника влияет не только на состав микробиоты, но и на ее метаболизм. Некоторые виды Firmicutes, особенно принадлежащие к кластеру XIVa Clostridium, толерантны к низкому pH; однако многие представители Bacteroidetes и Actinobacteria более чувствительны к изменениям pH .
Средиземноморская диета связана с более высокой продукцией короткоцепочечных жирных кислот в кишечнике. Эти вещества играют важную роль в поддержании целостности барьера толстой и тонкой кишки, обеспечивая энергией эпителиальные клетки и уменьшая воспаление, а также поддерживая более высокое микробное разнообразие кишечника.
Модуляция микробиоты кишечника посредством индукции изменений окружающей среды менее изучена; но кишечная среда остается тесно связанной с режимом питания, и поэтому не должна игнорироваться при будущих диетических вмешательствах.