История Храма в Зюзине начинается еще со времен, когда селом владела боярыня Морозова - известная раскольница. После конфискации, имение долгое время оставалось дворцовым, пока Петр I не пожаловал село своему соратнику Борису Прозоровскому. На тот момент в Зюзине уже стояла деревянная церквушка. Прозоровский в 1688 году приказал построить в селе новый храм - храм во имя Бориса и Глеба в Зюзино.
Из всех построек усадьбы Зюзино на Перекопской улице до наших дней уцелели лишь храм, возведенный в нарышкинскомстиле, и южный (кухонный) флигель. К сожалению, целостность архитектурного ансамбля усадьбы была утрачена, а парк уничтожен застройкой. Что же касается уцелевших Храма и флигеля, то и они визуально были разделены зданием бывшего детского садика.
Раньше, когда Зюзино еще было селом, то его главной улицей, где как раз и находились все важные постройки и объекты усадьбы, была Большая Зюзинская. Сейчас этобезымянный внутриквартальный проезд, на севере которого сохранилась старой липовой обсадки, с 1987 года имеющей статус природного памятника под названием «Липовая аллея в Зюзине».
Если возвращаться к уцелевшему Храму, то он интересен в первую очередь своим объемно‑планировочным решением. Трехверховый храм, поставленный на высокий подклет с первоначально открытой аркадой, над столбами которой расставлены колонны, сам по себе достаточно скромендля нарышкинского стиля: на окнах отсутствуют наличники, грани здания венчают небольшие фронтоны. Пышности добавляют, пожалуй, роскошные лестницы, ведущие в летнюю часть церкви.
После революции храм благоверных князей Бориса и Глеба в Зюзино постигла участь многих церквей, он был закрыт в 1938 году.
В 1950-х годах, храм отреставрировали, но вместо богослужений там разместили мастерскую по обработке драгоценных камней. Позднее здесь размещался архив одного из Министерств СССР.
Долгое время Храм Бориса и Глеба в Зюзино не удавалось передать православной Церкви. Передача Храма состоялась лишь в 1989 году.