Японская православная церковь является автономной в составе Московского патриархата. Появилась она благодаря миссионерским трудам архиепископа Николая (Касаткина).
Иеромонах Николай отправился на место своего служения в японский город Хакодате 1 августа 1860 года. Дорога заняла целый год. Зиму 1860-1861 года он провел в Николаевске-на-Амуре, где встретился со святителем Иннокентием (Вениаминовым), просветителем Сибири и Аляски, который рекомендовал ему вплотную заняться изучением японского языка и "перевести Священное Писание и молитвослов на язык новообращенных туземцев с тем, чтобы православие укоренилось в их культуре". Этому совету святитель Николай со всем усердием последовал. В первые годы много времени было им потрачено на изучение японского языка. Также он знакомился с японскими бонзами (буддийскими монахами), иногда ходил слушать их проповеди, чтобы лучше узнать их религиозное учение. Святитель Николай изучал японский язык так усердно, что учителя, с ним занимавшиеся, работали посменно.
Достаточно изучив язык, отец Николай направил все силы на переводческую деятельность. Он перевел на японский Новый Завет, Псалтирь, множество книг годового богослужебного круга, катехизис, утренние и вечерние молитвы. Отец Николай не пытался русифицировать японскую церковь, но адаптировал богослужение под японские культуру и традиции.
Одним из первых японцев, обращенных отцом Николаем в православие, стал Такума Савабе, бывший самурай и синтоистский служитель.
О нем отец Николай писал митрополиту Исидору (Никольскому): «Ходит ко мне один жрец древней религии изучать нашу веру. Если он не охладеет или не погибнет (от смертной казни за принятие христианства), то от него можно ждать многого».
В крещении Савабэ получил имя Павел. Он стал одним из первых проповедников христианства в тех областях Японии, куда был еще закрыт доступ архимандриту Николаю как иностранцу. В 1875 году Павел Савабэ стал первым японским священником.
Впоследствии отец Николай прикладывал все силы для взращивания священнослужителей из японцев. Он говорил японским верующим: «Мы, иностранцы, должны как можно скорее сделаться ненужными». Святитель пишет, что Японская церковь – не дело миссионеров, не имеющих возможности проповедовать вне двух мест – Токио и Хакодате, а дело катихизаторов. Катехизаторы – это простые верующие японцы, получившие краткосрочное богословское образование и отправленные проповедовать. Такой способ проповеди был особенностью Японской Церкви. Катехизаторы добирались до самых дальних деревушек и старались обратить в православную веру тех, кто о христианстве слышал впервые. Именно благодаря их труду Православная Церковь в Японии смогла увеличить количество верующих, обойти по численности протестантов и занять второе место после католиков. К такому способу проповеди принуждала необходимость – малочисленность русских миссионеров. Вследствие этого основная тяжесть проповеднической деятельности легла на плечи японцев, из числа которых впоследствии выбирались и кандидаты в священнослужители.
Сохранение национальной идентичности помогло Японской Православной Церкви выжить и продолжать умножаться в годы русско-японской войны. Тяжелым испытанием война стала и для самого епископа Николая. Не желая бросать молодую церковь, он не покинул страны в годы войны. В то время стало распространяться мнение, что православные японцы – русские шпионы, так как православие у японцев ассоциировалось с Россией. Много сил положил святитель Николай на то, чтобы развенчать этот миф, объяснить вселенский характер православной веры и уточнить, что они, японцы, должны оставаться верны своей стране и своему императору, и что православной вере это ничуть не противоречит. Многие отмечали в письмах к святителю, что «как ни печальна война сама по себе, относительно Православной Церкви она будет полезна тем, что исправит неправильные понятия об отношении японских православных христиан к России». Неправильные понятия - это такие, например, что православные зависимы от русского Императора, и потому подозреваются в неискренности в служении японскому Императору и Японии. Епископ поясняет, что «единственный глава Церкви есть Иисус Христос, и русский Император такой же сын Церкви, как и все другие православные христиане». «Как брат по вере русский Император, желает, чтобы японцы были хорошими христианами, усердно исполняющими все христианские обязанности, в том числе и соблюдение верности и преданности родной стране и своему Императору».
Сам отец Николай с началом войны решил не принимать участия в общественных Богослужениях церкви, так как он всегда молился за процветание и мир Японской империи, а теперь, когда война объявлена между Японией и его родиной, он, как русский подданный, не может молиться за победу Японии над его отечеством. Он пояснял японцам, что также имеет обязательства к своей родине, как и они к своей.
В начале войны святитель благословляет православных японцев молиться за победу. Духовенство совершало молебны, на которых читалась особая молитва о победе Японии, которую составил священник Павел Накаи. Епископ же в этих молебнах не участвовал, но молился в алтаре о победе России и русского Императора. Когда начались поражения русской армии, был проведен благодарственный молебен по случаю победы японских войск. Тогда отец Николай написал в своем дневнике: «Я стоял в алтаре, молясь с огорчением в душе о бедном моем отечестве, за поругание которого люди благодарят Бога».
Очень сильно переживал он поражения русских воинов, но с терпением и пониманием слушал радостные ликования японцев об их победах. Тяжелая грусть одолевала святителя, как писал он, «тем более тяжелая, что приходится ее таить в себе – кругом ведь все исполнены радости, хотя стараются тоже не выказывать ее мне в глаза. Отвел бы душу в разговоре – не с кем: мои печали для окружающих меня – радости, и радости законные, кто же не радуется отечественным успехам и славе?»
В то же время многие священники и катехизаторы отмечали, что война не только не мешает, а напротив, помогает делу проповеди. В ряде регионов слушателей учения становится больше, чем прежде, люди принимают крещение, верующие активно участвуют в богослужениях.
Также в период войны происходит разъяснение положения Японской Православной церкви. Граф Кацура (премьер-министр Японии) узнал от священника Василия Ямада, что Собор Воскресения Христова построен не Русским Правительством и не ему принадлежит, а является собственностью Японской Православной Церкви. Такое же представление о Соборе, как у премьер-министра, было и в самом Министерстве внутренних дел, но и им впоследствии разъяснили, что Собор не имеет отношения к Русскому Правительству.
Японское же правительство защищало святителя и Собор от «фанатиков и злонамеренных людей». А военное Министерство дало разрешение японским священникам проводить богослужения для русских военнопленных.
Святителя Николая японцы после испытания войной стали ценить и уважать еще больше.
Архиепископ Николай скончался в возрасте 75 лет 16 февраля 1912 года на территории Миссии в Токио. До самой смерти он занимался переводом и редактированием богослужебных книг. Перед его кончиной, в 1911 году, в Японии насчитывалось около 32 тысяч верующих и более 40 священников. Сам Император Японии прислал на гроб архиепископа большой венок из живых цветов. Внутри венка было написано два иероглифа, которые переводились как «Высочайший дар».
В 1970 году епископ Николай был прославлен Русской православной церковью в лике святых с наименованием «равноапостольный».