История создания Валдайско Иверского Святоозерского Богородицкого монастыря связана с именем патриарха Никона. Выходец из простой крестьянской семьи, он обладал ярким умом и в 1652 году Никон был выбран на патриарший престол. Место для строительства монастыря было выбрано не случайно – Никон уже бывал на Валдае и был очарован его красотой, бытует легенда о том, что во время путешествия Никона на Соловки для принесения покаяния от имени царя Алексей Михайловича за беззаконие Иоанна Васильевича и признавая его вину за мученическую смерть патриарха Филиппа в сонном видении к нему явился святой Филипп и благословил Никона на строительство монастыря на Валдае. Но существует и версия, что выбор места был также продиктован экономическими соображениями – Никон рассчитывал присоединить к монастырю довольно богатые окрестные земли.
В 1652 году с одобрения царя Алексея Михайловича, прозванного Тишайшим, Никон приступил к строительству. Монастырь планировалось сделать по подобию Иверского монастыря на Афоне. Летом 1653 были построены и готовы к освящению две деревянные церкви. Которые позднее была заменены каменными постройками. Первым настоятелем монастыря Патриарх назначил архимандрита Дионисия. При первом посещении строящейся обители в феврале 1654 года Никон переименовал посад Валдайский в село Богородицкое, а Валдайское озеро освятил, опустив на дно крест и Евангелие, и нарёк Святым озером. Сохранилось письмо патриарха царю, где он сообщает о видении над островом знамения в виде огненного столпа. Сам монастырь в дополнение к прежнему названию был назван «Святоозерским».
В мае 1654 года была жалована царская грамота, закреплявшая за обителью не только Валдайское озеро с островами, но и иные вотчины: Боровичи, Яжелбицы, Вышний Волочёк. К обители были приписаны старорусский и некоторые другие монастыри Новгородской земли. В 1655 году в монастырь переселилась братия белорусского Оршанского Кутеинского монастыря в количестве более 70 человек. Среди насельников в то время был будущий Патриарх Иоаким. Иноки перевезли с собою на новое место всё своё имущество и типографию. С приходом Кутеинских монахов, начали развиваться книгопечатание и переплётное мастерство. В 1656 году было завершено строительство Успенского собора. На торжество освящения собора вместе с Патриархом прибыли митрополиты Новгородский Макарий и Сарский Питирим, архиепископ Тверской Лаврентий и многочисленное духовенство из различных епархий России. Собор отличает простота и монументальность архитектурных форм.
1704 Был большой пожар в монастыре, монастырь пришёл в упадок.
В период царствования Петра I монастырь уже далеко не так процветал, как раньше. Петр Первый не очень любил монахов за их противодействие новым реформам. Петр распорядился приписать монастырь со всеми землями к создающейся в Санкт-Петербурге Александро-Невской лавре, сюда же был перевезен и большой монастырский колокол. Долго думали, как довезти его до Петербурга. Одно из предложений было – одеть колокол в обода и катить по дороге. Приписной обитель оставалась с 1712 по 1730 год. Монахи ждали удобного момента и наконец он наступил когда по дороге через Валдай поехала императрица Анна Иоановна, монахи узнав об этом вышли на дорогу с челобитной, подписав ее императрица вернет монастырю право распоряжаться казной.
В 1764 году Иверский монастырь был приписан к первому классу. В 1848 году, когда эпидемия холеры свирепствовала по всей России, унося многочисленные жизни людей, жители Валдая, объятые ужасом смерти, не надеясь на медицинские средства, прибегли к молитвенному заступничеству Пресвятой Богородицы. Взяв Иверскую икону Божией Матери, 10 августа весь народ, с торжественным крестным ходом и молитвенным упованием обнес ее вокруг города. Молитвы об избавления от холеры были услышаны, и предстательством Царицы Небесной, болезнь стала ослабевать, а затем совершенно прекратилась. Конечно в те времена люди не знали что холера распространялась через воду при температуре выше 10 градусов и жители сочли все это чудесным избавлением от болезни, а на самом деле повлияли наступающие холода
В 1858 году ювелирным мастером Федор Андреевичем Верховцевым была выполнена новая рака для мощей преподобного Иакова Боровичского, которая находилась в Успенском соборе. При настоятельстве архимандрита Лаврентия были отремонтированы все монастырские храмы и жилые постройки, приобретено много ценной утвари для обители. Он же организовал "странноприимный дом", где принимал многочисленных паломников и странников. Иверская обитель кормила тысячи людей.
После революции в 1919 году монастырь был преобразован в Иверскую трудовую артель, насчитывавшую 70 человек, и имевшую 5 гектаров монастырских угодий и 200 гектаров под садами, огородами, пахотой, пастбищами. В первые годы советской власти в монастыре был Историко-краеведческий музей. В 1927 году артель обследовал Наркомзем, в отчёте которого было отмечено, что трудовая община «слишком тесно связана с Иверской чудотворной иконой». Последнее замечание послужило поводом для снятия артели с регистрации; монашеская община была ликвидирована, а Иверская икона в дорогом окладе увезена в неизвестном направлении. В 30-е годы в монастырских помещениях располагались мастерские выпускающие разные деревянные поделки. В военное время находился госпиталь, затем дом инвалидов для участников Великой Отечественной войны, и лесная школа для детей, больных туберкулезом чистый валдайский воздух помогали им выздороветь.
Реставрационные работы на Иверском монастыре ведутся с 1959 года. 1970-е годы на острове появился поселок, а на территории монастыря была открыта база отдыха. В июне 1991 года монастырь был возвращен Русской Православной церкви и перешел в ведение Новгородской епархии. Это событие предотвратило надвигающуюся культурную и духовную катастрофу, которая могла бы привести к уничтожению
