Ильинский скит величественно возвышается на склоне холма. Изначально это была келья монастыря Пантократор. В 1757 году она была передана иеромонаху Паисию Величковскому. В 1835 году в число насельников был принят иеромонах Аникита (князь Ширинский-Шихматов), который многое сделал для процветания скита (был похоронен в обители).
В 1839 году келья получает признание как русскоязычный общежительный скит. Соборный храм скита, посвященный Илие Пророку, был заложен от имени Великой княгини Александры Петровны контр-адмиралом Д. З. Головачёвым, а окончен в 1881 году.
20 мая 1992 года, за отказ поминать на богослужениях патриарха Константинопольского Варфоломея, настоятель архимандрит Серафим (Бобич) вместе со всей братией (4 человека) в присутствии митрополита Илиопольского Афанасия (Папаса), митрополита Филадельфийского Мелитона (Караса) и настоятеля монастыря Пантократор архимандрита Виссариона были изгнаны греческой полицией из скита, депортированы с территории Афона и первоначально наш