Дело такое: язык меняется. Любой язык в любое время. Не потому, что так кто-то хочет, а потому, что это естественный процесс: любой живой язык (то есть тот, на котором говорят и думают) мутирует вслед за изменяющейся культурой народа.
Например, какие-то слова устаревают (купец, ланиты), какие-то меняют привычный вид (Ломоносов пишет: «Дерзайте нынче ободренны», а мы бы сказали «действуйте, ободрённые», а лучше — заменили бы наречием: «действуйте смело»). Изменения касаются и звукового оформления слов — язык трансформируется на всех уровнях.
Казус в том, что слова часто образуются, игнорируя удобство их произношения. Возьмём, например, слово «облако». Не вызывает никаких сомнений факт, что оно образовано от глагола «обволакивать». Соответственно, оно изначально выглядело так: «обвлако». А языку неудобно такое сочетание — [БВЛ] — и он от него избавился, удалив [В]. Вот такие дела.
Разумеется, никакой человек осознанно такие вещи не решает, это происходит интуитивно. Посмотрите, например, на слово «волжский». Откуда там «ж»? Вы ведь не задумываетесь об этом, хотя в исходном слове «г» — Волга. Но «волгский», так же как какой-нибудь «калугский», говорить страшно неудобно (хоть и логично), поэтому любой из нас совершенно спонтанно меняет «г» на «ж» (то есть на звук [Ш]).
Так, а теперь вернёмся к началоконцу.
Жили-были две буквы-сестрички: Ѫ и Ѧ. Неизвестно почему эти буквы назвали мужскими именами: старшую назвали юс большой — Ѫ, младшую назвали юс малый — Ѧ. Жили сестрички в азбуке-кириллице, и была у них особая роль — обозначать носовые звуки. Вот сейчас в русском языке сохранились только носовые согласные — это [М] и [Н], они произносятся через нос. А в старославянском-древнерусском были и гласные звуки, произносящиеся через нос: «о носовой» (Ѫ) и «э носовой» (Ѧ).
Корень в слове «конец» выглядел так: -КѪ-. А в слове «начало» стояла буква сестричка: -КѦ-, так как [Э] и [О] часто чередуются. А обозначали они одно и то же — границу, «кон» (вспоминаем «поставить на кон», «вся жизнь на кону»). И вот в чём загвоздка. Звуку [К] и звуку [Э] стоять рядом не очень-то удобно. Потому что [К] образуется в задней части рта (можете проверить), а звук [Э] это не очень одобряет. Поэтому [К] попросил своего корефана [Ч] его подменить. Вы ещё следите за мыслью?
И вот. Получилось, что у вышеупомянутого корня два варианта:
-КѪ- (звучало как [КОн]) и -ЧѦ- (звучало как [ЧЭн]).
Дальше самое интересное.
Когда языку надоело, что в нём есть такие выпендрёжные звуки — носовые гласные, подумать только! — он их выкинул и заменил на первое, что попалось под руку.
«Ѫ» заменил на «ОН»,
а «Ѧ» заменил на «А».
Соответсвенно:
-КѪ- → -КОН-
-ЧѦ- → -ЧА-.
И корни перестали хоть в чём-то напоминать друг друга! К «кон» добавился суффикс «ец», получился «конец». К «ча» добавились приставка «на» и суффикс «л» и получилось «начало».
И редкие слова напоминают нам, что между этими корнями была связь, например, слово «ИСКОННЫЙ». В этом слове корень -КОН-, а само слово значит «ИЗНАЧАЛЬНЫЙ».
И это ещё не всё.
В этих словах один корень, потому что наши предки вообще мыслили «конец» и «начало» как синонимы. По представлениям древних славян, время движется не вперёд, а по кругу. Поэтому где конец — там и начало.
А при чём тут щенок? — спросите вы.
Нежданно-негаданно слово «щенок» образовалось от того же корня и имело значение «начало новой жизни, новорожденный» (сравни с ещё одним однокоренным — «чадо»). Но корень -КѦ- [КЭн] повёл себя в этом слове иначе. [К] и [Э] снова не поладили, но [К] на этот раз позвал на помощь [Щ]. Рядом с таким элегантным звуком «э носовой» заменился на собственно [ЭН]. Так и получился «щенок» [ЩЭНОК].
Вот такие вот этимологические истории.