Важнейшим фактором, повлиявшим на развитие региона в позднее средневековье, стало монгольское вторжение, которое не только привело к необходимости траты сил на борьбу с ним, но и вызвало поток беженцев из других регионов, стремившихся закрепиться на безопасных землях. Помимо этого, значительную роль сыграло и проникновение в Юго-Восточную Азию ислама, который, как и религии предшествующего периода, пришел из Индии.
Государство Дайвьет, бывшее одним из гегемонов в прошлый период, столкнулось с необходимостью воевать на два фронта – на севере против монголов, а позже династии Мин и на юге против царства Чампа. В основном эта задача решалась довольно успешно, за исключением краткого периода минской оккупации в 1407-1427 гг. Однако постоянные войны привели к разрушению ирригационной системы и упадку сельского хозяйства, требовавшего больше плодородных земель. Следствием этого стали регулярные крестьянские восстания, ослаблявшие государство. Необходимость поддержания сильной армии требовала постоянной раздачи земель феодалам, которые превращают полученные за службу поместья в вотчины. Для решения аграрного вопроса с 1371 г. Хо Кюи Ли начал серю реформ, направленных на централизацию государства за счет возвращения имений крупных феодалов в государственную собственность и раздачу земли служилому сословию. Этот процесс еще больше усилился в правление Ле Лоя с 1428 г., поскольку многие крупные землевладельцы оказались скомпрометированы сотрудничеством с оккупационной властью династии Мин. Их имения конфисковывались и передавались крестьянам, не имевшим своей земли, а также чиновникам, в зависимости от ранга. Все это привело к централизации и усилению государства, благодаря чему в конце XV в. было совершено несколько удачных походов против соседей. Это также способствовало развитию культуры, распространению буддизма и неоконфуцианства (в первую очередь среди чиновников).
В отличие от Дайвьета, другое крупное государство региона – Камбуджаджеша – с XIIII в. оказалось в глубоком упадке, вызванном, помимо прочего, вторжением тайских племен. Помимо этого империя ослаблялась религиозными конфликтами между буддистами и шиваитами. В середине XIII в. на землях Камбуджаджеши возникли тайские государства Сукхотаи и Аютия, вернула независимость монская держава Лаво, что свидетельствовало о распаде империи. В центральной части произошло оформление собственно кхмерского государства, получившего название Камбоджа. Шло постепенное вытеснение шиваизма буддизмом-тхеравады, сопровождавшееся междоусобными войнами, еще более ослаблявшими некогда великую империю. С середины XIV в. началась череда войн между кхмерами и тайцами за доминирование в регионе. Сокращение территории страны привело к упрощению государственного аппарата, а также изменению системы наследования – новый монарх избирался из числа родственников предыдущего правителя дворцовой верхушкой.
Сукхотаи и Аютия, боровшиеся за гегемонию над бывшей империей Камбуджаджешей, представляли собой две разных модели государственного устройства. В первом случае можно говорить о сохранении значительной части племенной организации, где правитель, по сути, заключал определенный договор с представителями общин, который ограничивал его власть. Аютия в свою очередь заимствовала мощный бюрократический аппарат от предшественников, что делало государство более устойчивым. Важную роль в обоих государствах играл буддизм-тхеравады, многие положения которого легли в основу законодательства. В итоге государство Сукхотаи уже в первой половине XIV в. распалось на отдельные княжества, признавшие сюзеренитет Аютии.
В конце XIII в. на Яве возникло государство Маджапахит, начавшее претендовать на объединение всей Индонезии под своей властью. Расширение страны продолжалось до середины XIV в., после чего с одной стороны произошло усиление центробежных тенденций, а с другой – начались столкновения с мусульманскими государствами, состоявшими в союзе с Малаккским султанатом. В итоге к 1530-м гг. ослабевший Маджапахит пал, положив конец индианизированным государствам региона, а индуизм и буддизм оказались замещены исламом. Место гегемона на территории Индонезии занял Малаккский султанат.
Территория Мьянмы в эпоху позднего средневековья становится местом непрекращающейся борьбы между различными государствами, претендующими на объединение региона. На месте полиэтничной империи Паган возникли моноэтничные государства Аракан и Пегу, населенные соответственно араканцами и монами. На севере региона закрепились племена шанцев, пришедшие в Мьянму в результате монгольского нашествия. Их государства представляли собой отдельные княжества, крупнейшими из которых в конце XIII в. были Мьинсайн, Пинле и Меккая. Шанские княжества основывались и в центральной части региона, однако там уже большинство населения в них составляли бирманцы. В то же время там было образовано и собственно бирманское государство – Таунгу, принимавшее беженцев, за счет которых смогло усилиться и расширить свои владения. Другим центром бирманской государственности была Ава, которая в дальнейшем стала более значимым центром для бирманцев. Между всеми этими государствами велись многочисленные войны, не приводившие к сколь-нибудь долговременному усилению той или иной стороны. Большая часть стран продолжали исповедовать индуизм и буддизм, за исключением Аракана, где распространился ислам из Бенгалии.
Таким образом, период позднего средневековья для Юго-Восточной Азии стал временем упадка полиэтничных империй и становлением на их месте моноэтничных государств, которые при этом претендовали на наследие прошлых держав. Религия начинает играть более значимую роль в государственном развитии, поскольку идет борьба между различными верованиями, в отличие от предшествующего периода, когда можно говорить об их мирном сосуществовании.