28 сентября в Чехии и Моравии традиционно чествуют покровителя своих земель святого Вацлава. Именно этот день в 1941 году выбрали нацисты, чтобы сообщить о смене власти. Исполняющим обязанности имперского протектора Богемия и Моравия стал Рейнхард Гейдрих.
«Я не намерен старыми методами пытаться онемечивать чешский сброд. Ему здесь просто не место», – коротко описал свои планы в 1941 году один из организаторов «окончательного решения еврейского вопроса» и архитекторов Холокоста.
С первого дня правления «пражского мясника» на территории протектората Богемия и Моравия было введено военное положение, начались массовые аресты, казни и депортации населения в концентрационные лагеря Маутхаузен и Освенцим.
Одной из первых акций Гейдриха стал арест главы правительства протектората генерала Алоиса Элиаша, поддерживавшего тайные контакты с движением сопротивления в Чехии и с Чехословацким правительством в изгнании во главе с Эдвардом Бенешем, находившимся в Лондоне. В июне 1942 года Алоис Элиаш был казнен - уже после смерти самого Гейдриха.
Будучи убежденным нацистом, считавшим чехов, как и других славян, представителями «низшей расы», в качестве рейхспротектора Гейдрих, тем не менее, вел хитрую и расчетливую политику. Наряду с репрессиями против «неблагонадежных» и геноцидом евреев и цыган, оккупационные власти проводили социальные реформы, ввели пособия по безработице, увеличили отпуска для рабочих и принимали иные меры, чтобы обеспечить лояльность большинства населения.
Операция «Антропоид», в результате которой в июне 1942 года Рейнхард Гейдрих был убит, стала самой крупной акцией чешского сопротивления. Более того, должностных лиц гитлеровской Германии такого ранга, не говоря уже о личном "весе" Гейдриха в нацистской иерархии, во время Второй мировой войны не убивали нигде и никогда. Ближайший аналог - убийство Вильгельма Кубе в Белоруссии.
Покушение совершили чехословацкие офицеры, заброшенные в страну по приказу эмигрантского правительства. Внутреннее Сопротивление обеспечивало их документами, предоставляло убежище и снабжало информацией. Участники покушения погибли в перестрелке с нацистами в храме свв. Кирилла и Мефодия в Праге.
После смерти Гейдриха оккупанты развернули масштабные репрессии, в частности, сожгли дотла деревни Лидице и Лежаки, жители которых были почти поголовно уничтожены.
На территории протектората в ходе Холокоста погибло свыше 70 тысяч евреев (многие из них были уничтожены в Терезине и других концлагерях, созданных на чешской территории). Также жертвами нацистов стали, по разным оценкам, от 36 до 55 тысяч чехов и представителей других национальностей.