Таким образом, новый чин очень точно отражал роль царицы-инокини Александры, патриарха Иова и освященного собора в делах царского избрания. Кроме того, на церковных молебнах и службах многие подданные впервые должны были узнать не только имя нового царя, но и имена его жены и детей, что говорило о начале новой династии. В этом Борис отступил от старины. Придет время, и ему вспомнят ненужные "приклады" с упоминанием на ектеньях членов его семьи. Кощунственным покажется и то, что золотой ларец с патриаршим экземпляром "Утвержденной грамоты" об избрании на царство Бориса Федоровича поставят к мощам московского митрополита Петра в Успенском соборе, вскрыв для этого раку чудотворца и небесного покровителя Московского государства. Хотя при самом царском избрании это, напротив, казалось особенно благочестивым и важным для подтверждения выбора, сделанного на Земском соборе.
Окончательно царь Борис Федорович и вся его семья въехали в Кремль "в свой царьской московской черьтог житии, где прежнии московские государи цари и великие князи живали", только 30 апреля 1598 года. В разрядной записи подчеркивалось, что это делалось "по благословению великие государыни царицы и великие княгини иноки Олександры Федоровны всея Руси".
Серпуховский поход
Даже успешное воцарение еще не освобождало царя Бориса Годунова от необходимости доказывать, что это был не просто человеческий выбор. Пока что он оставался лишь избранным в качестве первого среди равных. Дьяк Иван Тимофеев будет намеренно подчеркивать, что Борис - "первый в Росии рабоименный царь". Но исторический спор 1598 года у своих политических противников Борис Годунов уже выиграл. Первые же решения по местническим делам князей Голицыных, разбиравшиеся еще от имени царицы Александры Федоровны, показали настоящую расстановку сил в Боярской думе. Царю Борису Годунову можно было не бороться с оппозицией, которой, по большому счету, у него и не было. Автор "Нового летописца" писал, что "князи же Шуйские едины ево не хотяху на царство", все же другие, наоборот, "чаяху от него и впредь милости, а не чаяху людие к себе от него гонения". Боярин князь Василий Иванович Шуйский явного недовольства не выказывал, его подпись стоит в "Утвержденной грамоте" сразу же за рукоприкладством главы Боярской думы князя Федора Ивановича Мстиславского. Другой князь, Дмитрий Иванович Шуйский, состоял в свойствё с Борисом Годуновым: оба они были женаты на сестрах - дочерях приснопамятного Малюты Скуратова. Князь Дмитрий Шуйский, как говорили, даже мирил Годунова с остальными боярами, когда тот отказался ездить в Думу и затворился в своем доме. Но одним своим происхождением из Рюриковичей Шуйские представляли угрозу для новой династии. Так же, как другие недовольные и обойденные князья, Голицыны (из Гедиминовичей), чьих подписей как раз и нет под грамотой.
Интрига против Бориса Годунова, избранного в цари, похоже, все-таки состоялась, но она была связана с именем царя Симеона Бекбулатовича. Об этом сообщал оршанский староста Андрей Сапега. В июне 1598 года он писал гетману Кшиштофу Радзивиллу: "Говорят, некоторые князья и думные бояре, особенно же князь Бельский во главе их, и Федор Никитич со своим братом, и немало других (однако не все) стали советоваться между собой, не желая признать Годунова великим князем, а хотели выбрать некоего Симеона, сына Шугалея, Казанского царевича, который живет в Сибири, далеко от Москвы". В Литве всё напутали, кроме имени Симеона, наследовавшего когда-то своему старшему родственнику, касимовскому царю Шахали (Шигалею). Борис Годунов на это будто бы отвечал, что "враг уже в земле", имея в виду угрозу нашествия крымского царя: "Пока вы к тому дойдете, смотрите, чтобы вы царства не погубили и чтобы язычники не овладели им". В этом случае важна сама мысль о возможном воцарении Симеона Бекбулатовича, а не искаженные до неузнаваемости детали дела (например, с происхождением и тогдашним местопребыванием кушалинского затворника, так и не узнавшего сибирской ссылки). Возможно, что в основе слуха лежало дело об извете, поданном Борису Годунову на царя Симеона. В нем говорилось, будто Симеон, "приехав к Москве, хотел тебе, государю, смерть учинити. И думал он же… изменою отъехати в Крым и в Нагае, и в Литву". Вопреки всему, доводчик не был пожалован, хотя само дело могло иметь разные последствия и отразиться на изменении положения царя Симеона Бекбулатовича. Это, в свою очередь, могли связать с продолжавшейся борьбой за власть.
В итоге Годунов отложил венчание на царство и подверг себя еще одному испытанию. Во главе всей государевой рати он отправился в поход в Серпухов для борьбы с крымским царем. Однажды, в 1591 году, слава победителя "безбожных агарян" и ревнителя православной веры уже помогла укрепиться Борису Годунову как правителю государства. Теперь ему было важно повторить свой успех. В одной из разрядных книг сохранились слова, произнесенные им в ответ на предложение сначала венчаться на царство, а потом идти воевать против крымского царя: "Ныне яз, прося у Бога милости и у Пречистыя его Матери, и у великих чюдотворцов, хочю итти с Москвы на Берег против своего недруга крымскаго царя Казы-Гирея. И нечто милосердый Бог смилуется, а желанное свое получю, и яз тогды венчаюсь царьским венцом".
Главными воеводами полков были назначены служилые татарские царевичи Арасланалей Кайбулович, "казацкие орды" Ураз Магмет (через два года Борис Годунов посадит его на касимовское царство), сибирские, "шеморханские", "юргенские" царевичи, а также "волошские воеводичи" (один из них, Степан Александрович, будет пожалован боярством и станет в местническом отношении выше остальных бояр). Их роль в Серпуховском походе скорее была почетной; рядом с ними на воеводство были поставлены настоящие воеводы из первых лиц Думы - князь Федор Иванович Мстиславский, князь Василий Иванович Шуйский, князь Тимофей Романович Трубецкой, князь Иван Иванович Голицын. Дворовыми воеводами самого Бориса Годунова стали боярин Федор Никитич Романов и его брат кравчий Александр Никитич Романов - что, между прочим, противоречит версиям о их конфликте с новым царем. Выходя в поход, царь Борис Федорович должен был провести смотр всего войска. Обычно перед выступлением на войну воеводы получали жалованье. Щедрые выплаты, на которые и раньше не скупился Борис Годунов, еще больше привлекли служилых людей на его сторону. Статья "О походе в Серпухов царя Бориса" вошла потом в "Новый летописец", что также свидетельствует о значимости этого события в истории начала царствования Бориса Годунова: "Того же году после Велика дни, не венчался еще царским венцем, пошол в Серпухов против Крымского царя со всеми ратными людми; и приде в Серпухов и повеле со всее земли бояром и воеводам с ратными людми идти в сход, и подаяше ратным людем и всяким в Серпухове жалование и милость великую. Они же все видяше от него милость, возрадовались, чаяху и впредь себе от него такова жалованья".