Безусловно, наиболее значимым религиозным фактором на Востоке в Средние века стала последняя из мировых религий – ислам. Несмотря на то, что ислам изначально формировался, во многом, как политическая религия, в которой догматические споры, подобные христологическим, были практически невозможны, появление внутри него различных течений шло почти одновременно с его оформлением. При этом эти расхождения во многом имели в своей основе именно политические причины, из-за чего принадлежность к той или иной группе определяла особенности государственного строительства.
Причины начавшегося в исламе раскола лежали в отсутствии закрепленной системы передачи верховной власти после смерти Мухаммеда. Изначально удалось достичь компромисса и избрать в качестве халифа (наместника пророка) одного из первых сподвижников Мухаммеда – мекканского купца Абу Бакра. Однако уже тогда среди части мединцев возникло недовольство этим решением, поскольку они считали законным преемником Али – племянника (или двоюродного брата) и зятя Мухаммеда. Постепенно эта группа разрослась, и по ее инициативе четвертым халифом был избран Али, чему предшествовало убийство третьего – Османа – в котором обвинили членов этой партии. Это стало причиной разразившейся гражданской войны, в которой Али после нескольких побед согласился на переговоры. Из-за этого в 657 12 тысяч воинов покинули войско Али, от них пошло первое из течений в исламе – хариджиты (ушедшие). Оставшиеся верными халифу, получили название шииты (от слова партия). Наконец, большинство мусульман, не поддержавшие Али позже стали называться суннитами.
Хариджиты придерживались точки зрения, что все мусульмане являются равными, независимо от их происхождения и времени обращения. Соответственно халифом может быть избран любой мусульманин, без каких либо ограничений, при этом его власть должна быть только исполнительной, без вмешательство в законодательство или судопроизводство, за что должен отвечать выборный совет. Хариджиты придерживались норм раннего ислама, выступая против каких-либо дополнительных толкований. Однако они не смогли стать сколь-нибудь влиятельной силой, поскольку практически сразу начали дробиться на множество мелких сект. Наиболее значимым событием было восстание секты арзакитов против династии Омейядов в Ираке в 80-х гг. VII в., которое продолжалось почти двадцать лет, прежде чем было подавлено.
Более значительную роль сыграли шииты, который считали, что халифом (точнее имамом – поскольку сочетает духовную и светскую власть) может быть только потомок Али и его жены Фатимы – дочери Мухаммеда. Поэтому имам не может избираться общиной, поскольку только в роду Али передается сокровенное знание, открытое пророком. Соответственно только имам обладает правом толковать Коран, а его решения считаются непогрешимыми. После убийства Али, борьбу за главенство над мусульманской общиной продолжили его сыновья Хасан и Хусейн, которые в дальнейшем оба погибли. Однако противостояние между шиитами и суннитами не прекратилось, хотя шиитов было значительно меньше. В начале IX в. в шиизме появилось течение исмаилитов, которое в X в. подняло восстание в Тунисе, перекинувшееся на Египет, где в 909 г. был провозглашен халифат Фатимидов, просуществовавший до 1171 г. и контролировавший значительную часть Северной Африки, часть Аравии и Палестины. После падения Фатимидского халифата, шиизм долгое время подвергался гонениям в исламском мире, пока в 1501 г. власть в Иране не захватила династия Сефевидов, сделавшая шиизм государственной религией. С того времени Иран являлся единственным шиитским мусульманским государством, из-за чего постоянно враждовал с остальными державами исламского мира. Внутри шиизма также существует несколько течений, которые зачастую боролись между собой.
Самым крупным направлением в исламе является суннизм, согласно которому халифом может быть избран только представитель рода Курейшитов, из которого происходил сам Мухаммед. Помимо Корана сунниты считают важной частью учения Сунну – книгу о жизни пророка и отдельные его изречения. Большая часть мусульманских государств, в том числе и средневековых, были именно суннитскими. Хотя внутри суннизма также существует несколько течений, конфликтов из-за этого между ними не существует, из-за чего суннизм является более монолитным течением, что и обеспечивает его преобладание над остальными группами в исламе. Именно суннитский вариант ислама был распространен в Африку, Центральную Азию, Индию и Юго-Восточную Азию, где повлиял на особенности государственного развития.
Таким образом, роль ислама в истории средневекового Востока является наиболее значительной из всех религий. Во-первых, ислам был распространен на территории большей части Востока, под его влиянием формировались государственные структуры крупнейших государств – Арабского халифата, Османской империи, Сефевидского Ирана, Делийского султаната, империи Великих Моголов и т.д. Во-вторых, борьба между течениями в исламе часто определяла специфику политической истории стран Востока. В-третьих, будучи мировой религией, ислам вступал во взаимодействие или борьбу с другими религиями, в том числе и мировыми, что влияло на взаимоотношения не только между восточными странами, но и Востока со странами Запада.