На стадии брожения сладкое сусло охлаждают и перекачивают в ферментеры, или бродильные чаны, где к нему добавляют дрожжи, чтобы начать процесс брожения. Бродильные чаны изготавливают или из древесины орегонской сосны или сибирской лиственницы или из нержавещей стали. Производители, которые используют деревянные бродильные чаны, считают, что таким образом они сохраняют характер виски, потому что в древесине живут бактерии, которые, по их мнению, усиливают вкус бражки, но ныне большинство производителей предпочитают эффективность и чистоту чанов из нержавеющей стали. Вискикурня Bowmore в 1980-е гг экспериментировала с нержавеющей сталью, но вернулась к деревянным бродильным чанам в 1990 году поскольку вкусовой характер их спирта изменился.
Брожение представляет собой турбулентную часть процесса , когда жидкость бурлит за счет выделения большого количества двуокиси углерода. Поэтому большинство бродильных чанов оснащено вращающимися пеногасителями, без которых пена будет выливаться и тратится в пустую, а на некоторых заводах этим процессом управляет компьютер.
Во время брожения дрожжи превращают сахар в диоксид углерода и спирт который в свою очередь реагирует с кислотами солода с образованием сложных эфиров и альдегидов которые придают спирту фруктовые и цветочные ароматы. Например, уксусная кислота реагирует с метанолом с образованием этиленцетата , который пахнет как малина ,а с амиловым спиртом с образованием амилоцетата, который пахнет как ананас. В конце этого процесса может происходить бактериальное брожение, что приводит к снижению кислотности и добавлению новых ароматов. Ароматы, которые у нас ассоциируются с цветами и фруктами, обычно обусловлены комбинациями различных сложных эфиров, образовавшихся в процессе брожения.
Через 2 дня брожение замедляется и останавливается, хотя некоторые производители проводят брожение в течении 60 ч или больше, чтобы развился «характер» спирта благодаря добавлению ароматов за счет вторичного бактериального брожения. Длительное брожение может давать более легкий, более фруктовый спирт, например, продолжительность брожения у виски Scapa является одной из самых длинных. Короткое брожение сохраняет больше солодового характера сусла.