После закрытия Святогорского монастыря в 1922 г. братия обители, не желая, чтобы останки Иоанна Затворника преданы были поруганию, убрали с его могилы надгробие и распространили слух в народе о якобы состоявшемся перенесении мощей. Некоторые из местных жителей утверждали, что в годы гражданской войны мощи были выкопаны монахами и увезены в г. Киев. Это, конечно, маловероятно, потому что в те страшные годы разбоя и грабежей монахи не рискнули бы увозить куда-либо мощи, тем более в Киев. В 1980-х гг. неизвестные могильные грабители стали вскрывать монашеские погребения на монастырских кладбищах Святогорской пустыни и выбрасывать из них кости. Настоятель Воронежского кафедрального собора архимандрит Алипий (ныне – схиепископ Алипий (Погребняк)), имевший близкое общение со многими святогорскими старцами, был вынужден посылать своих духовных чад, которые останки снова опускали в могилы и закапывали. В 1988 г. местным духовенством на месте погребения преподобного Иоанна Затворн