Это выражение, означающее сомнение говорящего в самом факте существования того, о чём говорят, восходит к фразе из романа Максима Горького "Клим Самгин"- "да был ли мальчик-то".
В этом произведении описана сцена катания детей на коньках, в которой дети провалились в полынью. Девочка была спасена, а мальчик звал на помощь Клима, который сначала хотел было помочь, бросив свой ремень в воду, но потом испугался, что утонет, и вспомнил, что недолюбливал этого мальчика, и отпустил ремень.
Прибежавшие на помощь мужики засомневались в существовании ребёнка, и кто-то бросил фразу: «Да был ли мальчик-то, может, мальчика и не было?»
"А был ли мальчик?"- так назвала свой семнадцатый студийный альбом, вышедший в 2002 году, Алла Пугачёва. Альбом был записан совместно с певицей Любашей, которая является автором большинства песен.