В XIX веке киргизскому народу угрожала опасность подпасть под иго Англии, которая пыталась захватить всю Центральную Азию и превратить её в английскую колонию. Этим хищническим планам противостояла Россия.
С развитием промышленного производства, в особенности после отмены крепостного права, Российскому государству нужны были новые рынки сбыта и источники сырья, таким образом, экономические и геополитические факторы способствующие сближению киргизского и русского народов совпали.
К середине XIX века российские границы вплотную приблизились к территориям, населённым киргизами. В этот период феодальные междуусобицы среди манапов северокиргизских племён бугу, сарыбагыш с одной стороны и колониальный гнёт Кокандского ханства с другой, побуждают северокиргизские племена массово обращаться к России за покровительством и переходом в российское подданство. Торгово-экономические связи играли в данном процессе немаловажную роль.
В 1855 году племя бугу добровольно перешло в российское подданство. Для воссоединения других киргизских северных племён необходимо выло освободить кокандскую крепость Пишпек (ныне Бишкек) из под власти кокандского хана.
В 1862 году чуйские киргизы подняли восстание против власти Кокандского ханства. Восставшие обратились за поддержкой к российской администрации в г. Верный (ныне Алма-Ата) и обещали перейти в российское подданство.В ответ на просьбу чуйских кригизов, российские войска, при поддержке киркисзких войнов, освободили город Пишпек, годом позже - кокандские укрепления Джумгал и Куртка, в горах Тянь-Шаня.
В результате занятия российскими войсками кокандских крепостей, все чуйские киргизы перешли в российское подданство. В 1864 году было основано Аксуйское укрепление, на Иссык-Куле, а в 1868 году - Нарынское и Каракольксое укрепления.
Присоединение к России южнокиргизских племён было связано с устранением господства над данными территориями Кокандского ханства.
В 1867 году царское правительство образовало Туркестанское генерал-губернаторство с двумя областями - Сыр-Дарьинской и Семиреченской. В 1868 году удалось привести Конадское ханство в вассальную зависимость по отношению к России. Однако это не положило конец угнетению южных киргизов. Оставаясь под властью Кокандского хана, они продолжали платить ему около 20 видов различных налогов. В начале семидесятых годов века кокандские сборжики налогов стали взимать с кочевых киргизов тройной налог (вместо одного барана с кибитки - трёх). За отказ платить секет и за убийства ханских сборщиков налогов карательные отряды кокандского хана захватывали в плен и зверски казнили киргизов. Эти жестокие меры привели к восстанию 1873-1874 годов, против Хыдояр-хана. Восставшие возлагали большие надежды на прокровительство России и обратились к туркестанскому генерал-губернатору с просьбой быть принятыми в российское подданство.
В феврале 1876 года Кокандское ханство вошло в состав России в виде Ферганской области, вместе с населявшими её южными киргизами. Летом 1876 года, после похода экспедиционного отряда генерала Скобелева в российское подданство перешли алайские киргизы.
Феодальные элементы и мусульманское духовенство Кокандского ханства, лишённые своих привилегий, не раз пытались при помощи Турции и поддерживающей её Англии поднят восстания с целью восстановления Кокандского ханства, вовлекая в них феодальную верхушку киргизского народа.
Вхождение киргизов в состав России было прогрессивным историческим явлением, прежде всего по причине сближения с великим русским народом и другими народами России. Таким образом киргизы избегли порабощения со стороны хищных английских колонизаторов, которые пытались навязать колониальный гнёт всем народам Центральной Азии.
В результате присоединения к России между киргизами прекратились феодально-родовые войны, которые задерживали экономическое и культурное развитие народа. Было искоренено патриархальное рабство. Киргизы ознакомились с развитыми формами земледелия, огородничества и садоводства. Начался переход киргизов к оседлой жизни. Стали внедряться элементы русской культуры, науки, просвещения, открываться русско-киргизские школы. Началось распространение медицинского обслуживания.