В дом Александра Никитича был послан Михаил Салтыков произвести обыск. В кладовой, в сундуках с деньгами, ключи от которых хранились у Бартенева, найдены были мешки с разными травами и кореньями. Эти вещественные доказательства отправили в Патриарший двор, где собрались бояре с патриархом Иовом, ставленником Бориса, решившие, что все травы и коренья волшебные, приготовлены для отравы царя, почему всех Романовых-Юрьевых -Захарьиных схватилии привели на суд к патриарху и обвинили не только Романовых, но и их родственников в покушении на жизнь Бориса.
Дело тянулось почти целый год, и в начале июля 1601 года Боярская Дума приговорила "изменников" к лишению имуществ и к ссылке в заточение, в разные отдаленные места.
Александра Никитича, с приставом Леонтиеим Ладыженским, сослали в Усолье Луду, на Белое море, где потом его удушили; а Михаила Никитича, с приставом Михаилом Тушинским, заточили в Великую Пермь, в Ныробскую волость. Его привезли зимой 1601 года, и так как Тушин, сообразно данному указу, не нашёл близ Ныроба удобного помещения для узника, то приказал выкопать для него землянку. Мало того, он заковал Михаила Никитича в цепи и велел давать ему только хлеб и воду. Землянка была тесная и сырая, в ней устроили печь и пробили отверстие для света.
Добрые жители Ныроба, соболезнуя о страдальнице-узнике, научили своих детей носить ему молоко, квас, масло и прочее, и мальчики, играя около землянки, спускали через отверстие свои припасы; хитрость эта скоро была открыта, и шесть ныробцев сильно пострадали. Отосланные приставом в Москву как злоумышленники, они были пытаны, и только двое из них, в царствование В. И. Шуйского, возратилистна родину; другие де окончили жизнь на пытке.