Родина Человечества в бедственном положении: планета осаждена наземными силами Жнецов, а флот сообщает о приближении их самих. Андерсон посылает призыв о помощи с целью эвакуации и передислокации. Шепарду придется пробиваться сквозь осаду к его позициям.
Сложность задания во многом зависит от принятых решений относительно других рас: если разрушен монастырь ардат-якши, то в войсках Жнецов будет много баньши, если генофаг не излечен или была спецоперация на Тучанке, то будет много тварей (в последнем случае - включая Рива).
Едва высадив отряд (или то, что от него осталось) на поверхность, пилот тут же подвергается обстрелу со стороны сборщика, и вынужден совершить маневр уклонения. Капитану же предстоит нелегкий путь до позиций наставника. Первой преградой станут каннибалы при поддержке хасков и налетчиков. Если кроганы пали, то среди них будет еще и тварь.
Следующий квартал осадили более крупные силы: нижние этажи здания обстреливает отряд каннибалов под командованием налетчика, дверь пытаются выломать две твари, верхний этаж обстреливает опустошитель, а по стенам карабкаются хаски. Спасенные от осады солдаты говорят, что Андерсон в трех кварталах от этого места.
Следующий квартал полностью занят Жнецами: за укреплениями сидят каннибалы и налетчики, с закрытых позиций ведут обстрел опустошители, по полю ходят хаски и твари, а на верхних этажах засели баньши (если уничтожен монастырь и\или кроганы, то часть каннибалов будет заменена на соответствующий юнит Жнецов). Пробившись сквозь позиции, попадаем в следующий занятый квартал - отсюда уже прямая дорога к позициям Андерсона, поэтому здесь много опустошителей, в воздухе летает сборщик, а сквозь баррикады пытаются пробиться твари.
Ликвидировав артиллерию на верхних этажах и осадные единицы на земле, Шепард, наконец, достигает позиций Андерсона. Адмирал сообщает, что не может начать эвакуацию, пока воздух контролируют войска Жнецов, поэтому нужно избавиться от артиллерии и авиации, чтобы безопасно покинуть планету. Всего есть три точки, на которых предстоит избавиться от опустошителей. Чем более разрушена галактика за время предыдущей игры, тем более сильная оборона будет у точек. Когда все три точки будут зачищены, прилетит сборщик. Ящиков с патронами нет, на есть пусковая установка "Гидра", с помощью которой можно будет сбить его.
Когда сборщик будет повержен, Андерсон сообщит, что эвакуация началась. Челнок успеет улететь за считанные минуты до прибытия Жнеца класса "Властелин". Уже на борту корабля Андерсон скажет, что осталось последнее место, где они могут укрыться: станция "Кронос", из которой сначала нужно выбить силы "Цербера".
Отсюда уже ведет прямой путь к одной из трех концовок