Ответ довольно очевиден: Мадара ушёл из деревни раньше, чем смог бы стать Хокаге. Пока он был в деревне, Хокаге был Хаширама, всех всё устраивало. А потом началась вся эта история с обидой на мир, предательством клана и табличкой Хагоромо-Зецу. Он мог дождаться своей очереди после Хаширамы. Но, учитывая, что они примерно одногодки, этот момент мог не наступить никогда. Если копнуть глубже, Мадара не пользовался популярностью в деревне, его боялись и презирали жители других стран. Если бы Мадара стал Хокаге, тут же разразилась бы мировая война (хотя она и так началась при Тобираме, так что...) - в общем, Сенджу правили бал, а Учихи сидели и не высовывались, довольствуясь этим положением. Мадара был очень воинственным: сначала он хотел поднять деревню на войну с миром, а потом и свой клан на войну с деревней. Но что Хаширама, что остальные Учихи хотели мира. Вот Мадара обиделся и ушёл. И отсюда вытекает вторая причина: Мадара перехотел быть Хокаге. Он мог захватить Скрытый Лист, но решил его уничтожить, т. к. счёл его неудачным экспериментом и загорелся идеей "Глаза Луны".
