Вопрос сформулирован в негативной форме: "Как понять, что я не в Матрице?" Следовательно, с точки зрения научной методологии, речь об опровержении (фальсификации) теории "я в Матрице", что само по себе утверждение не очевидное. Далее, какой смысл вкладывается в слово "Матрица"? Предположу, что не буквально тот, что в одноимённом фильме ("симуляция типа «мозг в колбе», созданная разумными машинами, чтобы подчинить и усмирить человеческое население, в то время как тепло и электрическая активность их тел используются машинами в качестве источника энергии"). Гораздо интереснее исследовать более широкое значение, а именно эпистемологическое: как понять, что существует "объективная реальность" за пределами наших субъективных ощущений, которые тоже можно назвать "Матрицей" и можно ли, подобно Нео, "выйти" из такой Матрицы. Существуют два противоположных (на деле дополняющих друг друга) ответа на этот вопрос:
- Выйти можно, что доказывается огромным расширением диапазона человеческого восприятия благодаря научному методу: люди сейчас могут увидеть мир в рентгеновском и радиодиапазоне, услышать ультра- и инфразвук, наблюдать потоки практически "бестелесных" нейтрино, пронизывающих наши тела миллиардами.
- Выйти нельзя, поскольку мы не способны преодолеть ограничения нашего телесного функционирования и восприятия (парадигма экспериенциального реализма). Из-за этого любые приборы и девайсы, расширяющие наш базовый опыт, подстроены под тело (приборы ночного видения, микроскопы, телескопы и т.д.). Кстати, в этом смысле Нео в фильме вовсе не "вышел из Матрицы", но лишь расширил диапазон восприятия.
Из пункта 2 следует вариант модификации тела, что может помочь получить принципиально другой базовый опыт: например, если у человека будет 10 рук и / или он станет киборгом, который видит гамма-лучи, слышит гиперзвук, имеет абсолютно новые органы чувств. Кроме киборгизации, та же возможность потенциально реализуема методами генной инженерии. Впрочем, пока это по бОльшей части фантастика.