У Наполеона был один законный сын, Наполеон Франсуа Шарль Жозеф Бонапарт, от брака со второй женой, эрцгерцогиней Марией Луизой Австрийской.
Он родился 20 марта 1811 года и умер 22 июля 1832 года.
Наполеон короновал его королем Рима и отрекся в его пользу, когда молодому Наполеону было три года, в 1814 году. Союзники отказались принять это, и Наполеон отправился в изгнание на Эльбу с восстановленной монархией Бурбонов.
После этого Мария-Луиза вернулась домой в Австрию с маленьким сыном. Больше Наполеон их не видел.
После возвращения императора и 100-дневной кампании Наполеон снова отрекся от престола в пользу своего сына. И снова это было проигнорировано союзниками.
Молодой Наполеон вырос при австрийском дворе и был известен как Франц. Будучи кадетом, он изучал немецкий, итальянский языки, математику и военное искусство. Юный Франц был увлеченным учеником, наслаждавшимся продвинутой физической подготовкой. В отличие от своего отца, он был особенно высок, достигая 6 футов в 17 лет.
Франц был назначен командовать австрийским батальоном в 1831 году, но в 1832 году он заболел пневмонией и не смог избавиться от своей болезни. В конце концов он умер после заражения туберкулезом в Вене 22 июля 1832 года в возрасте 21 года.
Он не был женат и не имел детей.