В 17 веке би Хань, наёмный убийца клана Линь Куэй с холодными силами, нападает и убивает Ханзо Хасаси и его семью. Одна-единственная выжившая-это дочь Ханзо, которую забирает Бог Грома Райден, хранитель земного царства.
В современную эпоху Outworld выиграл девять планомерных турниров Mortal Kombat против Earthrealm, и ему просто необходима еще одна победа в следующем турнире, чтобы покорить Earthrealm. Колдун внешнего мира Шан Цзун приказывает своим воинам отыскать и истребить чемпионов земного царства, которые носят метку дракона на своих телах, чтобы гарантировать, что у земного царства не будет никаких возможностей в предстоящем турнире.
Коул Янг, бывший чемпион ММА и носитель знака Дракона, и его семья подвергаются нападению Би хана, сейчас известнейшего под именем Саб-Зиро. Коула спасает Джекс, у которого следовательно есть метка дракона. Джакс говорит Коулу бежать со своей семьей и разыскивать своего партнера Соню Блейд, в то время как он остается, чтобы бороться с Саб-Зиро. Саб-Зиро замирает и разбивает руки Джакса, а потом оставляет его умирать.
Коул отправляется в убежище Сони, которая поведывает ему об истории турнира Mortal Kombat и показывает, что метку дракона можно переместить, убив его носителя. Соня захватила Кано, наемника клана Черного Дракона, который накануне убил кого-то с драконьей меткой, которая перешла на тело Кано. Соня, впрочем, неимеет знака. Укрытие Сони атакует рептилия, которая может плюнуть кислотой и приняться невидимой, но Коул, Соня и Кано работают вместе, чтобы убить существо.
Коул, Соня и Кано направляются в храм Райдена, который издавна был тренировочным полигоном для воинов земного царства. Здесь их встречают шаолиньские воины Лю Кан и Кун Лао, а также сам Райден. Они следовательно находят там Джакса, который пережил свою битву с Саб-Зиро. Медицинский персонал в храме оснастил Джакса набором механических рук, но он находит их силу избыточной.
После того как Коул разъясняет, что он родился с меткой дракона, Райден показывает, что Коул является потомком Ханзо Хасаси через несовершеннолетнюю дочь Ханзо, и что Коул может использовать веревочный дротик Ханзо, чтобы пробудить древнего ниндзя. Лю Кан и Кун Лао разъясняют, что каждый воин земного царства с драконьей меткой владеет особой силой, известной как "аркана", такой как одарённость Лю Кана вызывать огонь своими руками. Поэтому-то воины в храме необходимы найти и пробудить свои арканы, если они желают иметь шанс в Смертельной Битве. Впоследствии Кано находит свою тайну: сверхспособность стрелять лазером из глаза. Впрочем, несмотря на все его усилия, Коул не может пробудить свою аркану, и Райден, предполагая, что Коул будет обузой против сил Внешнего Мира без арканы, дозволяет Коулу вернуться к своей семье.
Шен Цун старается напасть на храм Райдена со своими воителями, но Райдэн вызывает энергетический щит, чтобы удержать их. Кабал, один из последователей Шан Цуна и отставной соперник Кано, уверяет Кано перейти на сторону внешнего мира и опустить щит. Воины Шан Цуна атакуют, убивая Кун Лао и завлекая Соню под обломки . Аркана Джакса пробуждается , давая ему сверхмощный набор механических рук, и он выручает Соню.
Дома на Коула набрасывается четырехрукий воин внешнего мира горо . Когда семье Коула грозит беда, его аркана пробуждается , давая ему бронированный костюм поверх кожи и набор клинковых тонфас. С поддержкой своей новообретенной арканы Коул убивает Горо , а потом подключается к остальным в храме Райдена.
Коул предлагает разделить воинов внешнего мира и вывести их по раздельности. Райден перемещает Чемпионов Earthrealm к каждому из воинов внешнего мира, и бойцы Earthrealm убивают своих врагов в битвах один на один; Соня убивает Кано во время этого процесса и заполучает его метку дракона, а также пробуждает свою собственную тайну: одарённость стрелять фиолетовыми энергетическими взрывами из своих рук.
Один-единственный оставшийся боец внешнего мира, Саб-Зиро, выкрадывает семью Коула и принуждает его сражаться с ним. Коул изначально сломлен Саб-Зиро, но когда его кровь касается веревочного дротика Ханзо, Ханзо возрождается как нежить ниндзя Скорпион. Скорпион и Коул вместе борются с Саб-Зиро и убивают его.
Появляется Шан Цун и сообщает, что его не страшат эти неудачи и что турнир Mortal Kombat пройдет так, как и рассчитывалось. Райден велевает воинам Earthrealm найти больше чемпионов, чтобы бороться в турнире и оберегать Earthrealm. Коул отправляется в Голливуд, чтобы завербовать Джонни Кейджа.