Глава 4 - Огонь и лед (Скорпион и Саб-Зиро)
Саб-Зиро находится в карьере, наблюдая за недавно возобновленной фабрикой Кибер Лин Куэй. Затем прибывает Ханзо Хасаши, бывший Скорпион, и спрашивает о местонахождении Сектора, так как он не хочет, чтобы тот снова угрожал его клану. Саб-Зиро сообщает Ханзо, что, хотя фабрика была ранее закрыта и похоронена в карьере, когда слияние времени восстановило Сектора, он вновь активировал фабрику и похитил воинов Лин Куэй, которые будут превращены в кибер-рабов. Он рассказывает Ханзо о своем плане проникнуть на фабрику – нападение на главный вход будет кровавым, поэтому он предлагает войти через менее населенный вход и получить помощь изнутри.
Оба входят на фабрику, только чтобы найти расчлененные тела, лежащие на земле. Ханзо клянется Саб-Зиро, что они оба отомстят за гибель воинов Лин Куэй. Они прячутся, так как появляются Сайракс и неизвестная фигура в плаще, чтобы создать еще больше кибервоинов. Саб-Зиро говорит Ханзо, что если они отключат ингибиторы поведения Сайракса, он восстановит свою человечность и отключит Сектора, а также сможет отключить Кибер Лин Куэй, так как все киборги связаны общей сетью. Они разделяются, и Ханзо сосредоточился на Сайраксе, в то время как Саб-Зиро имеет дело с фигурой в плаще, которая, как выяснилось, является Фрост. Он обвиняет ее в предательстве после всего, что он сделал для нее, в то время как Фрост возражает, обвиняя его в том, что он развратил Лин Куэй, заключив мир с Ханзо, и что с помощью Кроники она восстановит честь клана. В зависимости от выбора персонажа, диалог будет меняться соответствующим образом: Саб-Зиро спокойно сообщает своей бывшей ученице, что нет будущего, в котором она могла бы стать главой клана. Фрост сердито отвечает, что он всегда сомневался в ней и что Кроника с самого начала видела ее реальный потенциал; либо Фрост сердито говорит Ханзо, что она должна была убить его в тот день, когда Саб-Зиро пригласил его в храм. Ханзо отвечает, что она уже пыталась и потерпела неудачу.
После победы над Фрост Сайракс снова появляется с несколькими активированными кибер-воинами Лин Куэй, говоря, что они защищают дело Кроники и что новый кибер-Лин Куэй поможет вступить в Новую Эру.
Если с Сайраксом будет драться Саб-Зиро, то он поклянется освободить его от влияния Сектора. Если же Ханзо – Сайракс говорит Ханзо, что его заставят служить. Ханзо отвечает, что он уже прошел этот путь и не позволит этому случиться снова.
После поражения Сайракса Саб-Зиро начинает отключать ингибиторы поведения. Ханзо попадает в засаду Нуб Сайбота, который утверждает, что в Новую Эру Кроника позаботится о том, чтобы он возглавил самый смертоносный клан блуждающих теней, прежде чем его победит Саб-Зиро/Ханзо.
Перед боем Нуб либо насмехается над Саб-Зиро, утверждая, что он всегда подражал ему и что он плохой грандмастер. Саб-Зиро отвечает, что он скрывает принцип Линь Куэя, который, как он думал, разделял его брат
В другом варианте Нуб насмехается над Ханзо, утверждая, что без влияния Куан Чи Ханзо слабее.
После того, как Нуб побежден, Сайракс приходит в себя и с ужасом понимает, что с ним стало. Он узнает, что ему нужно сделать, чтобы уничтожить Кибер Лин Куэй, прежде чем Сектор выстрелит ракетами в трио, которые Сайракс остановит с помощью своей сети. Сектор был предупрежден Фрост, что Саб-Зиро и Ханзо стали союзниками, и удивлен тем, что Саб-Зиро участвует в акте бесчестия. Персонаж, выбранный игроком, сражается с Сектором, в то время как другой помогает Сайраксу со следующим диалогом:
Ханзо сражается с Сектором – Сектор открывает Ханзо, что именно он начал резню на первом Ширай Рю, поклявшись, что он закончит то, что Куан Чи не смог сделать в их сделке.
Саб-Зиро сражается с Сектором – Саб-Зиро говорит Сектору, что однажды он уже лишил его головы и сделает это снова. Сектор отвечает, что прошлое больше не задано, поскольку Кибер Лин Куэй возвестит о наступлении Новой Эры.
После того как Сектор побежден, Сайраксу удается проникнуть на серверы Кибер Лин Куэй и сообщить Саб-Зиро, что он может отключить фабрику, но он заявляет, что если его вернут, то он не хочет жить как киборг. Саб-Зиро заверяет Сайракса, что, будь он машиной или человеком, у него есть дух воина, и пока Саб-Зиро является грандмастером, он будет принят в Лин Куэй.
Затем Сайракс уничтожает главный источник питания фабрики, что выводит из строя его самого и остальных Кибер Лин Куэй, включая Сектора, которого Фрост и Нуб транспортируют обратно в логово Кроники. Саб-Зиро и Ханзо обсуждают, что им следует делать дальше, и решают, что они должны сообщить Ркйдену о случившемся.
В логове Кроника Герас расспрашивает молодых Кано и Эррона Блэка о том, могут ли они восстановить Сектора и можно ли его скопировать тысячи раз. Внезапно появляется Кано из настоящего и говорит им, что они должны согласиться служить Кронике.
В доме Бриггсов Джакс пытается связаться со своей дочерью Джеки, но ее телефон был потерян из-за времяворота, что приводит его в отчаяние. Вскоре приходит Кроника, которая привлекает старого Бриггса на свою сторону.
У Рейдена был разговор с Коталем, Джейд и Китаной во Внешнем Мире о том, чтобы остановить Шао Кана от возвращения трона.
Глава 5 - Раскрытые истины (Джейд из прошлого)
Джейд и Коталь разведывают потерянный улей Кайтиннов, полагая, что именно там находится Шао Кан. Они попадают в засаду ревенанта Джейд и Ди'Воры, которые в конечном итоге терпят поражение.
Обнаружив Шао Кана в лагере таркатанов, Джейд сражается с Коллектором, а затем выводит из строя таркатанов. Когда Коталь и его воины Ош-Текк готовятся казнить таркатанов, Джейд вмешивается, зная, как далеко он может зайти. Она побеждает Коталя, после чего оба попадают в плен к Шао Кану.
Тем временем Рейден пытается еще раз посоветоваться со Старшими Богами, но обнаруживает, что их владения находятся в руинах. Все Старшие Боги исчезли, за исключением одного – богини добродетели Цетрион. Она рассказывает, что Кроника - ее мать, а Шиннок - ее брат. Затем раскрывается план Кроники: она намеревается перезапустить время, чтобы восстановить баланс между тьмой (Шиннок) и светом (Цетрион), который может быть сохранен только в том случае, если царства сражаются друг с другом. Однако, когда Темный Райден обезглавил Шиннока, баланс был нарушен, что вызвало желание Кроники удалить Рейдена из истории. Затем Рейден говорит Цетрион, что он позаботится о том, чтобы Кроника не преуспела, но богиня сообщает ему, что Шао Кан захватил Коталя. Затем Рейден говорит, что воины Земного Царства будут продолжать сражаться.
