Ученые из Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) разработали первый в мире мобильный анализатор геномных последовательностей в виде приложения для iPhone, которое получило название iGenomics.
Соединив iPhone с портативным секвенсором ДНК, пользователи могут создать мобильную лабораторию генетики, что-то вроде пресловутого "трикордера", который используют врачи в известном фильме Star Trek. Приложение iGenomics полностью работает на устройстве на основе iOS, исключив потребность в ноутбуках или большом оборудовании в полевых условиях, что удобно для специалистов, занимающихся пандемиями и экологией.
Приложение для iPhone было разработано в качестве дополнения к миниатюрным устройствам для секвенирования ДНК, производимым компанией Oxford Nanopore . По словам разработчиков новой системы,
По мере того, как секвенсоры становились всё меньше и меньше, не было технологий, позволяющих изучать ДНК на мобильном устройстве. Большая часть изучения ДНК - выравнивание последовательностей ДНК, анализ - выполняется на больших серверных кластерах или высококлассных ноутбуках.
Как рассказывают специалисты CSHL , учёные, изучающие пандемии в удаленных областях, "летают с чемоданами, полными секвенсоров Nanopore , ноутбуков и другого оборудования для проведения такого анализа". Новая разработка Cold Spring Harbor Laboratory делает процесс исследования геномов более удобным, доступным и недорогим.
Пользователи могут выполнять секвенирование и переправлять данные друг к другу, причем они могут проводить анализ ДНК в самых удалённых местах - даже тех, где нет доступа к Интернету.
В статье, опубликованной в журнале Gigascience , специалисты Cold Spring Harbor Laborator y сообщают, что их алгоритм позволяет быстро картировать последовательности ДНК вирусных патогенов, таких как вирус гриппа или вирус Зика, и выявлять мутации, важные для диагностики и лечения. Компания также предоставляет онлайн-учебник для анализа других вирусных геномов, например коронавируса (SARS-CoV-2).
Источник: Science Daily
